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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 序列筛选

各位,求助!我测序拿到几十条序列后,有什么快速的方法能够对其进行筛选,知道中间哪些序列是相同的,哪些是不同的?
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 272401213 at 2012-09-19 15:45:33
什么叫相差多少算是相同?...

就是序列比对后,如果有一两个碱基是不一样的,那么它们也会被认为是相同序列吗?
10楼2012-09-19 21:59:39
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ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:02
个人认为最快速的方法就是利用软件进行序列比对了,推荐软件DANMAN或者Vector NTI
有时候,一句话,可以改变未来
2楼2012-09-16 22:57:40
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biofuture

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:26
很简单 两两比对就行了,用序列比对软件 算Needlmen距离, 或者你要看哪些序列式一模一样的话 , 写个perl脚本 unique一下就可以了。 最简单的就是用blast对序列建库, 再用这些序列搜索库。
年轻人就应该奋斗
3楼2012-09-17 00:11:36
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272401213

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+6, ★★★很有帮助 2012-09-18 08:52:50
给你这个网站!http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html
只要把所有的序列粘进去~就好!很直观!
YNWA
4楼2012-09-17 07:34:56
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