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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 有人用DS模拟过磷脂双分子层么？
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xiadan99

金虫 (小有名气)

[交流] 有人用DS模拟过磷脂双分子层么？

请教有人用DS模拟过磷脂双分子层么？我想用DS模拟磷脂双分子层与peptide的相互作用，请问用DS模拟也行不？有前辈做过相关的模拟没？
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1楼 2012-09-16 19:32:33
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
xiadan99(金币+1): 谢谢参与
看看哦~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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5楼2012-09-16 20:37:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
xiadan99(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-17 09:13:38
DS我没有用过，无法得知，但是VMD 可以直接建 lipid 立双分子层，你可以找找NAMD 和VMD模拟lipid 与蛋白质模拟的教程，网上都有；

还有用gromacs 模拟的也挺多的
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2楼2012-09-16 19:41:44
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-17 09:13:45
顺便给你推荐这个网站，好好研究下，对你建模也许有帮助：
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane
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3楼2012-09-16 19:43:27
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-16 19:41:44
DS我没有用过，无法得知，但是VMD 可以直接建 lipid 立双分子层，你可以找找NAMD 和VMD模拟lipid 与蛋白质模拟的教程，网上都有；

还有用gromacs 模拟的也挺多的

非常感谢。。。
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11楼2012-09-16 23:07:13
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yaland9楼
2012-09-16 22:36   回复  
xiadan99(金币+1): 谢谢参与
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