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[求助]
perl程序咨询,有关pedigree信息分析的。
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各位乡亲父老,小女又来啦~~~~ 这次的input是: #Fid Iid Pid Mid Sex Stat Geno 5 2908 0 0 1 3 A G T C G T 5 2108 6256 4532 2 1 G T C A T C 20 4556 2089 2935 1 2 T T G A C C 5 6256 2908 6266 1 1 A C C T T C 5 4561 1145 2108 2 1 C C T G A G 117 1123 0 2354 1 2 C C T G A C 基本上,从2908— 6256— 2108— 4561就是一个家族的四代人,这个就是我想找到的信息。 从这个联系来分析我的整个数据文件, 有多少个家庭里有四代人的信息, 有多少家族只有两代人的信息,诸如此类。 现在我有的程序,已经可以把每个相同家庭里的人,放在一个group里,接下来的分析,搞不懂了,特求助各位。 这里附上我的上半段程序: |
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【答案】应助回帖
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silicare: 金币+6, 应助指数+1, 谢谢参与,鼓励新虫发帖交流 2012-09-17 17:28:23
silicare: 金币+6, 应助指数+1, 谢谢参与,鼓励新虫发帖交流 2012-09-17 17:28:23
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用MERLIN软件关于ibd和kinship评估功能,可以根据你的.ped文件内容分析出家系结构(包括家系大小,世代数等一些信息)。 你可以看一下官网http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/ |
7楼2012-09-17 13:59:48
8楼2012-09-18 16:10:03
9楼2012-09-18 17:33:07
10楼2012-09-19 15:18:01













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不知道 我是刚申的这个 。 希望能帮到你