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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » perl程序咨询，有关pedigree信息分析的。
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

[求助] perl程序咨询，有关pedigree信息分析的。

各位乡亲父老，小女又来啦~~~~

这次的input是：
#Fid   Iid    Pid   Mid   Sex Stat    Geno
5      2908   0      0       1    3       A G T C G T
5      2108   6256 4532  2   1        G T C A T C
20    4556   2089 2935  1    2       T T G A C C
5      6256   2908 6266  1    1       A C C T T C
5      4561   1145 2108  2    1       C C T G A G
117   1123   0      2354  1    2       C C T G A C
基本上，从2908— 6256— 2108— 4561就是一个家族的四代人，这个就是我想找到的信息。 从这个联系来分析我的整个数据文件， 有多少个家庭里有四代人的信息， 有多少家族只有两代人的信息，诸如此类。

现在我有的程序，已经可以把每个相同家庭里的人，放在一个group里，接下来的分析，搞不懂了，特求助各位。

这里附上我的上半段程序：
CODE:
use warnings;
use strict;

open (FN, "file1") or die $!;
open(OUT,">file2")or die $!;


my %hash;

while (){
    chomp;
    if (/(\d+)\s([\d\w]+\s[\d\w]+\s[\d\w]+)/){
        
        push @{ $hash{$1} },$2;            ###This is to save multiple elements into a key.
        
       }

}
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1楼 2012-09-10 16:40:21
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ch_sunshine

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

若是单纯想看看2、4代家系的个数信息，倒是有其他方法能得到。（比如：2代家系有N个）
赞一下 回复此楼
5楼2012-09-14 17:06:43
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
等不到有缘人啊~~~
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-12 14:25:07
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-14 17:06:43
若是单纯想看看2、4代家系的个数信息，倒是有其他方法能得到。（比如：2代家系有N个）

比如呢？
回复此楼
6楼2012-09-14 19:46:55
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ch_sunshine

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+6, 应助指数+1, 谢谢参与，鼓励新虫发帖交流 2012-09-17 17:28:23
引用回帖:
6楼: Originally posted by 淡蓝幽香 at 2012-09-14 19:46:55
比如呢？...

用MERLIN软件关于ibd和kinship评估功能，可以根据你的.ped文件内容分析出家系结构（包括家系大小，世代数等一些信息）。 你可以看一下官网http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/
赞一下 回复此楼
7楼2012-09-17 13:59:48
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