应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » perl程序咨询，有关pedigree信息分析的。
51/1返回列表
查看: 762  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

[求助] perl程序咨询，有关pedigree信息分析的。

各位乡亲父老，小女又来啦~~~~

这次的input是：
#Fid   Iid    Pid   Mid   Sex Stat    Geno
5      2908   0      0       1    3       A G T C G T
5      2108   6256 4532  2   1        G T C A T C
20    4556   2089 2935  1    2       T T G A C C
5      6256   2908 6266  1    1       A C C T T C
5      4561   1145 2108  2    1       C C T G A G
117   1123   0      2354  1    2       C C T G A C
基本上，从2908— 6256— 2108— 4561就是一个家族的四代人，这个就是我想找到的信息。 从这个联系来分析我的整个数据文件， 有多少个家庭里有四代人的信息， 有多少家族只有两代人的信息，诸如此类。

现在我有的程序，已经可以把每个相同家庭里的人，放在一个group里，接下来的分析，搞不懂了，特求助各位。

这里附上我的上半段程序：
CODE:
use warnings;
use strict;

open (FN, "file1") or die $!;
open(OUT,">file2")or die $!;


my %hash;

while (){
    chomp;
    if (/(\d+)\s([\d\w]+\s[\d\w]+\s[\d\w]+)/){
        
        push @{ $hash{$1} },$2;            ###This is to save multiple elements into a key.
        
       }

}
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-09-10 16:40:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+6, 应助指数+1, 谢谢参与，鼓励新虫发帖交流 2012-09-17 17:28:23
引用回帖:
6楼: Originally posted by 淡蓝幽香 at 2012-09-14 19:46:55
比如呢？...

用MERLIN软件关于ibd和kinship评估功能，可以根据你的.ped文件内容分析出家系结构（包括家系大小，世代数等一些信息）。 你可以看一下官网http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/
赞一下 回复此楼
7楼2012-09-17 13:59:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
等不到有缘人啊~~~
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-12 14:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

若是单纯想看看2、4代家系的个数信息，倒是有其他方法能得到。（比如：2代家系有N个）
赞一下 回复此楼
5楼2012-09-14 17:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-14 17:06:43
若是单纯想看看2、4代家系的个数信息，倒是有其他方法能得到。（比如：2代家系有N个）

比如呢？
回复此楼
6楼2012-09-14 19:46:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:50 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 11:17 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +14 晴天加油 2026-08-26 15/750 2026-08-29 11:06 by biily
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭