24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 672  |  回复: 9

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

[求助] perl程序咨询,有关pedigree信息分析的。

各位乡亲父老,小女又来啦~~~~

这次的input是:
#Fid   Iid    Pid   Mid   Sex Stat    Geno
5      2908   0      0       1    3       A G T C G T
5      2108   6256 4532  2   1        G T C A T C
20    4556   2089 2935  1    2       T T G A C C
5      6256   2908 6266  1    1       A C C T T C
5      4561   1145 2108  2    1       C C T G A G
117   1123   0      2354  1    2       C C T G A C
基本上,从2908— 6256— 2108— 4561就是一个家族的四代人,这个就是我想找到的信息。 从这个联系来分析我的整个数据文件, 有多少个家庭里有四代人的信息, 有多少家族只有两代人的信息,诸如此类。

现在我有的程序,已经可以把每个相同家庭里的人,放在一个group里,接下来的分析,搞不懂了,特求助各位。

这里附上我的上半段程序:
CODE:
use warnings;
use strict;

open (FN, "file1") or die $!;
open(OUT,">file2")or die $!;


my %hash;

while (){
    chomp;
    if (/(\d+)\s([\d\w]+\s[\d\w]+\s[\d\w]+)/){
        
        push @{ $hash{$1} },$2;            ###This is to save multiple elements into a key.
        
       }

}

回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

继续等
2楼2012-09-11 15:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

等不到有缘人啊~~~
3楼2012-09-12 14:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

继续咯~~~
4楼2012-09-13 14:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

若是单纯想看看2、4代家系的个数信息,倒是有其他方法能得到。(比如:2代家系有N个)
5楼2012-09-14 17:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-14 17:06:43
若是单纯想看看2、4代家系的个数信息,倒是有其他方法能得到。(比如:2代家系有N个)

比如呢?
6楼2012-09-14 19:46:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+6, 应助指数+1, 谢谢参与,鼓励新虫发帖交流 2012-09-17 17:28:23
引用回帖:
6楼: Originally posted by 淡蓝幽香 at 2012-09-14 19:46:55
比如呢?...

用MERLIN软件关于ibd和kinship评估功能,可以根据你的.ped文件内容分析出家系结构(包括家系大小,世代数等一些信息)。 你可以看一下官网http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/
7楼2012-09-17 13:59:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-17 13:59:48
用MERLIN软件关于ibd和kinship评估功能,可以根据你的.ped文件内容分析出家系结构(包括家系大小,世代数等一些信息)。 你可以看一下官网http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/...

多谢,我去试一下
对了,请问怎么个你加分?
8楼2012-09-18 16:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 淡蓝幽香 at 2012-09-18 16:10:03
多谢,我去试一下
对了,请问怎么个你加分?...

不知道  我是刚申的这个 。 希望能帮到你
9楼2012-09-18 17:33:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-18 17:33:07
不知道  我是刚申的这个 。 希望能帮到你...

引用回帖:
8楼: Originally posted by 淡蓝幽香 at 2012-09-18 16:10:03
多谢,我去试一下
对了,请问怎么个你加分?...

不知道  我是刚申的这个 。 希望能帮到你



评分显示:
当前回帖不是应助回帖,您不能对此进行金币奖励哦

请问还有其他方法加金币么。。。。
10楼2012-09-19 15:18:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 淡蓝幽香 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +15 熊二想上岸 2026-04-06 15/750 2026-04-08 04:53 by 无际的草原
[考研] 304求调剂 +9 素年祭语 2026-04-06 12/600 2026-04-08 00:04 by JourneyLucky
[考研] 297求调剂 +14 GENJIOW 2026-04-07 15/750 2026-04-07 23:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +9 努力奋斗112 2026-04-07 9/450 2026-04-07 23:21 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕调剂 +9 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 10/500 2026-04-07 22:48 by 来看流星雨10
[考研] 307求调剂 +3 Youth@@ 2026-04-07 3/150 2026-04-07 22:00 by hemengdong
[考研] 求材料调剂,一志愿郑州大学289分 +16 硕星赴 2026-04-03 16/800 2026-04-07 20:23 by 云民大李老师
[考研] 283求调剂 +18 A child 2026-04-04 18/900 2026-04-07 12:30 by 1018329917
[考研] 材料与化工371求调剂 +14 陪琳看海 2026-04-04 15/750 2026-04-06 06:59 by houyaoxu
[考研] 0832食品科学与工程学硕282调剂 +6 鱼在水中游a 2026-04-02 9/450 2026-04-05 11:45 by flysky1234
[考研] 求生物学学硕调剂——364分 +7 云朵遛弯指南 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:49 by zhyzzh
[考研] 348分环境工程·调剂 +10 吴彦祖24k 2026-04-03 11/550 2026-04-04 14:19 by 无际的草原
[考研] 350一志愿北京航空航天大学08500材料科学与工程求调剂 +5 kjnasfss 2026-04-03 5/250 2026-04-03 22:29 by 无际的草原
[考研] 一志愿中国石油大学化学工程323分求调剂 +4 化工专硕323分 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:12 by dongzh2009
[考研] 372分材料与化工(085600)一志愿湖南大学求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-03 4/200 2026-04-03 17:58 by Jimmyandyou
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 338求调剂,一志愿能源动力,外语是日语203 +5 zzz,,r 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:45 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿复旦材料,英一专硕,总分357调剂 +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
[考研] 275学硕081000服从调剂到其他专业,保不住本专业了 +7 一只小小水牛 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:23 by alice-2022
[考研] 食品学硕362求调剂 +3 xuanxianxian 2026-04-01 3/150 2026-04-01 21:05 by 啊李999
信息提示
请填处理意见