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古韵清音

银虫 (小有名气)

[求助] qRT-PCR的数据处理问题,error bar应该怎么做?

我的实验是去医院收样本来做的,一次收不了几个,所以用荧光PCR做相对定量只能分很多次做,这样我要最后把数据集中起来就没有办法直接用仪器给出的图表,而且有些数据我也还要筛选一下。
现在我想自己把数据整出来之后用excel或者graphpad之类来做柱状图,但是现在不知道error bar应该怎么做,我仔细看了下仪器的分析结果,好像它的error bar用的是RQ max和RQ min,所以请问一下,这里的error bar难道不是用SD么?我的SD是用目的基因CT减去内参CT之后的值计算的,高的时候有0.23。但是用SD的话,因为柱状图的高度是2-△△CT,所以直接用SD的话会出现比如柱高是0.02但error bar有0.23左右,我觉得不大对啊,想请问下各位牛人,这个数据到底是怎么处理的?

[ Last edited by 古韵清音 on 2012-9-9 at 23:41 ]
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我觉得你可能就是没弄清楚用哪个做ERROR BAR吧,如果只是结果不理想,那就是你的数据偏差较大!
持之以恒、永不放弃!
4楼2012-09-11 17:02:04
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xw19880905

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励应助 2012-09-11 16:02:48
古韵清音: 金币+5, 有帮助, 后来看到一篇文献。。。现在搞清楚了 2012-09-12 16:50:25
是用SD计算,但是我觉得你操作中是不是两个概念混淆了,因为算SD时也要先算出-△△CT值,在算出2-△△CT,再才计算SD值,你试试看,是不是这不没做?
2楼2012-09-11 10:58:53
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天虫

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-09-11 16:03:00
古韵清音: 金币+4, 有帮助, 但是我看到的文献是,最后的error bar还要用power(2,-a)的SD值再除以一个作为对照的样本的power(2,-a) mean 2012-09-12 16:52:46
我们处理数据的时候也是用基因CT减去内参CT,然后我们算值是用EXCEL里的公式算的--power(2,-a),然后再用三组这个值来做ERROR BAR,EXCEL可自动生成。
希望实验能顺利!
3楼2012-09-11 15:54:16
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
SD和SE不是一回事,SD=STDEV, 而SE=STANDARD ERROR, SD=SE/SQRT(X), X=样品数。
5楼2012-09-11 19:04:05
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