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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子模拟到底有多深奥呀？
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欧阳平平

木虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟到底有多深奥呀？

刚进实验室不久，第一次听到分子模拟这个词的时候就觉得太高深了，怀着敬而远之的态度。但是貌似今后要经常和它打交道，所以下定决心好好学习。可是看了一本关于分子模拟的书，才到一半就读不下去了，好难理解啊...
       不知道大家当时都是怎么学习并掌握分子模拟的？有什么好的建议吗？还有大家的课题是怎么定的呢？是导师直接安排还是自己寻觅的？如果有此领域的博士师兄师姐的话，能给小女子点建议吗，关于课题方面的，因为我可能也要成为你们中的一员了。感激不尽呀~~~
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有付出总会有回报。
1楼 2012-08-21 15:51:38
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zx2456

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢交流~ 2012-08-21 19:06:19
欧阳平平: 金币+3, ★★★很有帮助, 就是分不清那么多种都能做什么，迷茫着呢，呵呵。不过谢谢你呀~ 2012-08-21 21:18:18
你是博士准备做分子模拟的？分子模拟也有很多种啊，就是不同领域的也有不少差异，感觉应该具体点看，不能从大方面看分子模拟啊。具体看你想要模拟哪些方面，在找相应软件学习
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2楼2012-08-21 16:43:17
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
欧阳平平: 金币+6, ★★★★★最佳答案, 谢谢你呢~嘻嘻，以后还请多多指教 2012-08-21 21:17:22
jiaoyixiong: 金币+5, 赞chaizhm 版主的细致讲解 2012-09-16 20:46:32
我感觉大面上对分子模拟理论了解一下还是很有必要的，因为分子模拟基础理论是建立在经典牛顿定律上的，不应该很麻烦

入门的话可以看看本版置顶帖里面推荐的一些书籍，先看中文再看英文，不管能不能看懂，先耐心看一遍，大体知道讲什么，然后再认真看

一般入门得一段时间，但是一旦入门了就比较快了。了解基本理论以后就可以考虑是自己编程序，还是找现成的软件做计算

我可以推荐两本书，见附件
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壁立万仞，无欲则刚
3楼2012-08-21 19:09:54
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=1272553045v00ptnj8c6awua
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壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-08-21 19:12:37
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

内容已删除
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壁立万仞，无欲则刚
5楼2012-08-21 19:13:40
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cuiyoutian88

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-16 20:22:57
您一定要说清楚您是作什么体系的,不同体系对应的模拟软件也不一样.比如我作蛋白质的,应用namd,amber,gromacs.商业的discovery studio,sybyl等.高分子的好像用ms.
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6楼2012-09-16 20:11:32
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-18 09:07:16
其实没多深奥

所谓分子模拟，或者全程的分子动力学模拟，就是把一个个粒子（分子，原子，protein，cluster，etc）放在模拟盒子里，这些粒子根据牛顿定律运动，粒子之间有一些相互作用制约运动的轨迹和方向。在经典分子模拟里，通常用力场等相互作用，在从头计算里，用波函数方程计算原子间相互作用。

有了相互作用，根据牛顿定律运动，这些粒子跑啊跑啊就跑到了最后的结构，就可以分析数据，整理数据，写paper了
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由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
7楼2012-09-17 22:23:37
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
蛋疼的不能编辑回复。。。。

“或者全程的分子动力学模拟”

应为

“或者全称的分子动力学模拟”
molecular dynamics，所谓dynamics的体现，就是动态的，时间的函数
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由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
8楼2012-09-17 22:26:19
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