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欧阳平平

木虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟到底有多深奥呀?

刚进实验室不久,第一次听到分子模拟这个词的时候就觉得太高深了,怀着敬而远之的态度。但是貌似今后要经常和它打交道,所以下定决心好好学习。可是看了一本关于分子模拟的书,才到一半就读不下去了,好难理解啊...
       不知道大家当时都是怎么学习并掌握分子模拟的?有什么好的建议吗?还有大家的课题是怎么定的呢?是导师直接安排还是自己寻觅的?如果有此领域的博士师兄师姐的话,能给小女子点建议吗,关于课题方面的,因为我可能也要成为你们中的一员了。感激不尽呀~~~
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zx2456

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢交流~ 2012-08-21 19:06:19
欧阳平平: 金币+3, ★★★很有帮助, 就是分不清那么多种都能做什么,迷茫着呢,呵呵。不过谢谢你呀~ 2012-08-21 21:18:18
你是博士准备做分子模拟的?分子模拟也有很多种啊,就是不同领域的也有不少差异,感觉应该具体点看,不能从大方面看分子模拟啊。具体看你想要模拟哪些方面,在找相应软件学习
2楼2012-08-21 16:43:17
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
欧阳平平: 金币+6, ★★★★★最佳答案, 谢谢你呢~嘻嘻,以后还请多多指教 2012-08-21 21:17:22
jiaoyixiong: 金币+5, 赞chaizhm 版主的细致讲解 2012-09-16 20:46:32
我感觉大面上对分子模拟理论了解一下还是很有必要的,因为分子模拟基础理论是建立在经典牛顿定律上的,不应该很麻烦

入门的话可以看看本版置顶帖里面推荐的一些书籍,先看中文再看英文,不管能不能看懂,先耐心看一遍,大体知道讲什么,然后再认真看

一般入门得一段时间,但是一旦入门了就比较快了。了解基本理论以后就可以考虑是自己编程序,还是找现成的软件做计算

我可以推荐两本书,见附件
壁立万仞,无欲则刚
3楼2012-08-21 19:09:54
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chaizhm

木虫 (著名写手)

壁立万仞,无欲则刚
4楼2012-08-21 19:12:37
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

内容已删除
壁立万仞,无欲则刚
5楼2012-08-21 19:13:40
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cuiyoutian88

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-16 20:22:57
您一定要说清楚您是作什么体系的,不同体系对应的模拟软件也不一样.比如我作蛋白质的,应用namd,amber,gromacs.商业的discovery studio,sybyl等.高分子的好像用ms.
6楼2012-09-16 20:11:32
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴|一只蘑菇

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-18 09:07:16
其实没多深奥

所谓分子模拟,或者全程的分子动力学模拟,就是把一个个粒子(分子,原子,protein,cluster,etc)放在模拟盒子里,这些粒子根据牛顿定律运动,粒子之间有一些相互作用制约运动的轨迹和方向。在经典分子模拟里,通常用力场等相互作用,在从头计算里,用波函数方程计算原子间相互作用。

有了相互作用,根据牛顿定律运动,这些粒子跑啊跑啊就跑到了最后的结构,就可以分析数据,整理数据,写paper了
由于诡异的原因msn偶尔上不去,由于众所周知的原因qq基本不登陆,私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
7楼2012-09-17 22:23:37
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴|一只蘑菇

蛋疼的不能编辑回复。。。。

“或者全程的分子动力学模拟”

应为

“或者全称的分子动力学模拟”
molecular dynamics,所谓dynamics的体现,就是动态的,时间的函数
由于诡异的原因msn偶尔上不去,由于众所周知的原因qq基本不登陆,私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
8楼2012-09-17 22:26:19
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