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yangjianchen

铜虫 (小有名气)

[求助] 同源克隆获得非编码区

本人已有水稻一基因的cDNA序列（包括编码区与两端UTR），想通过此获得小麦的同一基因，编码区可以通过基因的同源性设计引物获得，请问UTR区域是否也可以通过该方法获得？如果不可以，应该如何去获得呢（除做RACE）？
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1楼 2012-07-31 10:16:54
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tupac225

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
yangjianchen: 金币+1 2012-08-05 20:33:47
除了RACE不知道还有什么办法。祝你好运。
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yangjianchen
coasttocoast。
2楼2012-07-31 11:38:22
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励积极应助，解答问题 2012-07-31 13:47:24
amisking: 回帖置顶 2012-07-31 18:39:35
除了RACE没有好办法。。。。此外，克隆小麦内的同源基因，你需要考虑小麦A,B，D基因组的同源性问题，因为，在你PCR克隆过程中，你的PCR产物可能是来自A,B，D基因组的3个混合物，其长度可能一致，因此你需要缺体四体来确定是属于哪个基因组。长度不一致的情况非常少，但也有。
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yangjianchen
3楼2012-07-31 13:46:06
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yangjianchen

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by tupac225 at 2012-07-31 11:38:22
除了RACE不知道还有什么办法。祝你好运。

谢谢啦，不过貌似5端的race不是那么容易做！
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4楼2012-07-31 16:59:42
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yangjianchen

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2012-07-31 13:46:06
除了RACE没有好办法。。。。此外，克隆小麦内的同源基因，你需要考虑小麦A,B，D基因组的同源性问题，因为，在你PCR克隆过程中，你的PCR产物可能是来自A,B，D基因组的3个混合物，其长度可能一致，因此你需要缺体四体 ...

你是说多拷贝的问题吗？我是想首先获得序列，至于多拷贝的问题有待后续解决，而且在小麦里能得到cDNA序列并不意味着很容易就能获得DNA序列。。。所以很多问题呢。。。现在想的是绕过DNA，通过cDNA序列来进行功能研究。。。
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5楼2012-07-31 17:01:30
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangjianchen at 2012-07-31 17:01:30
你是说多拷贝的问题吗？我是想首先获得序列，至于多拷贝的问题有待后续解决，而且在小麦里能得到cDNA序列并不意味着很容易就能获得DNA序列。。。所以很多问题呢。。。现在想的是绕过DNA，通过cDNA序列来进行功能研 ...

是的。在六倍体麦子里是有些困难。。。。。
先把CDNA拿到再说，或许BLAST之后就会比对到小麦的相关序列，然后再设计引物就方便了，用水稻的序列设计引物来做麦子很多时候扩增不好。
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6楼2012-07-31 17:14:56
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13201065

新虫 (初入文坛)
我比对到了小麦的一个序列，不过是全基因的CDNA是不是这个基因已经被别人发现了？还做有什么意义??
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7楼2014-02-20 21:17:32
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