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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 坐标文件判断是fcc，hcp，bcc，sc等结构的算法或者方法
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] 坐标文件判断是fcc，hcp，bcc，sc等结构的算法或者方法

用towhee模拟ar气低温在界面上的成核行为。出来的结果文件是pdb格式的坐标文件。现在想知道这些原子中哪些部分是固体，哪些部分是液体。还有事固体的怎么来判断结构是fcc还是hcp或者bcc之类的，有什么编程的算法，或者是已有的 软件可以判断吗？总感觉用可视化软件直接看的话不是很靠谱啊
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1楼 2012-07-17 11:57:25
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lr553104284

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-17 21:10:37
zhang_jaj: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢，我先自己了解下再请教你 2012-07-18 11:58:16
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。
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2楼2012-07-17 21:05:39
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)

单身浏览汉
引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。
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版权乜有，盗用不究！
3楼2012-07-18 11:27:05
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

你应该比较了解这三种方法吧，能不能简单的点评下这一种方法的适用体系，优劣势，非常感谢！
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4楼2012-07-18 12:03:31
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lzl8181 at 2012-07-18 11:27:05
老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。...

我也很期待有这样的软件，哈哈
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5楼2012-07-18 12:04:14
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
zh1987hs: 金币+2, lei版回来喽！哈哈 2012-07-20 21:02:24
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1796494
8?
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6楼2012-07-18 13:25:46
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lei0736 at 2012-07-18 13:25:46
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1796494
8楼

非常感谢
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7楼2012-07-18 21:20:37
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lr553104284

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-07-20 21:02:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by lzl8181 at 2012-07-18 11:27:05
老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。...

没有！但是Pair analysis的编程非常简单！所以大可放心！Voronoi法有现成的函数库来计算Voronoi Polyhedron，但是后续的分析还是需要自己设计一定的算法的！尤其是简并处理！清华大学陈民老师课题组就开发了一套简并处理的方法。
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8楼2012-07-18 21:27:44
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lr553104284

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-20 21:02:46
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-07-18 12:03:31
你应该比较了解这三种方法吧，能不能简单的点评下这一种方法的适用体系，优劣势，非常感谢！...

好吧，我也是初学者，这里就先抛砖引玉了。其实对于标准构型来说，三种方法均适用，没有什么区别！我主要是从这三种方法处理热震引起的晶格畸变的能力来评估它们的！这个不是一两句话能说清楚的！但据我所知，目前国际上最为流行的是Bond Orientational Order Parameter法。以上是个人观点，希望大家批评指正。
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9楼2012-07-18 21:32:20
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)

单身浏览汉
老兄，能否阐明一下pair analysis的编程思路？是从lammps的哪些输出数据进行编程的？
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版权乜有，盗用不究！
10楼2012-07-18 23:31:14
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