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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 坐标文件判断是fcc，hcp，bcc，sc等结构的算法或者方法
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] 坐标文件判断是fcc，hcp，bcc，sc等结构的算法或者方法

用towhee模拟ar气低温在界面上的成核行为。出来的结果文件是pdb格式的坐标文件。现在想知道这些原子中哪些部分是固体，哪些部分是液体。还有事固体的怎么来判断结构是fcc还是hcp或者bcc之类的，有什么编程的算法，或者是已有的 软件可以判断吗？总感觉用可视化软件直接看的话不是很靠谱啊
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1楼 2012-07-17 11:57:25
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lr553104284

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-07-20 21:02:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by lzl8181 at 2012-07-18 11:27:05
老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。...

没有！但是Pair analysis的编程非常简单！所以大可放心！Voronoi法有现成的函数库来计算Voronoi Polyhedron，但是后续的分析还是需要自己设计一定的算法的！尤其是简并处理！清华大学陈民老师课题组就开发了一套简并处理的方法。
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8楼2012-07-18 21:27:44
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lr553104284

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-17 21:10:37
zhang_jaj: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢，我先自己了解下再请教你 2012-07-18 11:58:16
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。
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2楼2012-07-17 21:05:39
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)

单身浏览汉
引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。
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版权乜有，盗用不究！
3楼2012-07-18 11:27:05
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

你应该比较了解这三种方法吧，能不能简单的点评下这一种方法的适用体系，优劣势，非常感谢！
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4楼2012-07-18 12:03:31
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