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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 这种形式的坐标该怎么得到？
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nedved33

金虫 (小有名气)

[求助] 这种形式的坐标该怎么得到？

想对过渡态做scan，好像要求的坐标不是笛卡尔坐标，在论坛里的帖子里看到这种形式的坐标，我想问下，类似下面这种坐标该怎么转换得到？可以自动生成吗？
%chk=C6H12O2.chk
# b3lyp/6-311+g(d,p)   scf=maxcycle=1000  scan

C6H6O2

0 1
C              
C                  1            B1
C                  2            B2    1            A1
C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
C                  5            B5    4            A4    3            D3    0
O                  1            B6    2            A5    3            D4    0
O                  6            B7    5            A6    4            D5    0
H                  1            B8    7            A7    2            D6    0
H                  2            B9    1            A8    7            D7    0
H                  3           B10    2            A9    1            D8    0
H                  4           B11    3           A10    2            D9    0
H                  5           B12    4           A11    3           D10    0
H                  6           B13    5           A12    4           D11    0

   B1             1.47001481
   B2             1.35213504
   B3             1.44805746
   B4             1.34807607
   B5             1.46873534
   B6             1.21337327
   B7             1.21177979
   B8             1.10663924
   B9             1.08542210
   B10            1.08739136
   B11            1.08640585
   B12            1.08633080
   B13            1.11068087
   A1           125.94532223
   A2           127.11728249
   A3           123.17323344
   A4           121.42916035
   A5           122.70659721
   A6           124.00116584
   A7           119.98704577
   A8           114.47240470
   A9           117.57370885
   A10          118.75448281
   A11          121.87705051
   A12          115.15090368
   D1             0.01346178
   D2           179.92161275  S 180  1.0
   D3          -179.98264803
   D4          -179.99936667
   D5           179.98132399
   D6          -179.99685447
   D7             0.01790071
   D8          -179.97661468
   D9            -0.06752315
   D10            0.01014314
   D11           -0.01875418

另外想问一下，经常在一些帖子里看到震荡，有能量震荡，力震荡，位移震荡，请问这个是怎么回事，在输出文件里可以看到吗？具体该怎么看啊，是不是IRC扫描出来的这种图
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1楼 2012-07-09 15:20:23
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hustzju

木虫 (著名写手)
关注下，帮顶
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2楼2012-07-09 16:19:01
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
坐标用gaussview就可以得到，在保存的时候有选项选择
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3楼2012-07-09 20:04:46
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daixing2011

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-07-09 20:58:23
nedved33: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-07-11 09:26:10
你是要得到那个震荡的图吗  ？？ 自己没做出过那个图是吧！！

那个是优化就可以看见的， 比如你优化一个结构，得到输出文件1.log
打开高斯view---file---open----找到1.log----注意，把下面方框里的钩打上----ok----这不就打开了吗能看到结构了吧----再点result----optimization----

好了  曲线出来了  够详细吗

这个总能量曲线说的就是 优化过程中  每一步的能量  如果震荡了 会造成优化不出来  就得适当调节了
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4楼2012-07-09 20:14:27
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mchen10

金虫 (正式写手)
zmatrix最好是手动建 软件给的多半是没有物理意义的。。
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更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
5楼2012-07-10 05:06:26
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nedved33

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by daixing2011 at 2012-07-09 20:14:27
你是要得到那个震荡的图吗  ？？ 自己没做出过那个图是吧！！

那个是优化就可以看见的， 比如你优化一个结构，得到输出文件1.log
打开高斯view---file---open----找到1.log----注意，把下面方框里的钩打上----o ...

看到了，谢谢哈，但我的能量曲线是刚开始一直呈抛物线下降，后面一大段都是非常平滑的曲线，这样优化应该没问题吧。。
还有出来的是两个图，一个是总能量，还有一个RMS gradient，请问这个参数有什么含义？
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6楼2012-07-11 09:26:34
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nedved33

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mchen10 at 2012-07-10 05:06:26
zmatrix最好是手动建 软件给的多半是没有物理意义的。。

请问该怎么建啊，自动的不行吗？不是专门搞计算的，实验室里就我一个人在学这个
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7楼2012-07-11 09:27:51
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nedved33

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gmy1990 at 2012-07-09 20:04:46
坐标用gaussview就可以得到，在保存的时候有选项选择

保存出来的格式（也是直角坐标）和上面的不一样哈
类似下面这种是不是得手动一个一个改哈
C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
C                  5            B5    4            A4    3            D3    0
O                  1            B6    2            A5    3            D4    0
O                  6            B7    5            A6    4            D5    0
H                  1            B8    7            A7    2            D6    0
H                  2            B9    1            A8    7            D7    0
H                  3           B10    2            A9    1            D8    0
H                  4           B11    3           A10    2            D9    0
H                  5           B12    4           A11    3           D10    0
H                  6           B13    5           A12    4           D11    0
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8楼2012-07-11 09:29:51
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weiyin1977

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nedved33: 金币+5, ★★★很有帮助, 3 2012-07-11 18:07:42
用gaussview保存时，把 write cartesians这选项点一下，再存就是internal coordination的形式。
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9楼2012-07-11 11:34:08
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nedved33

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by weiyin1977 at 2012-07-11 11:34:08
用gaussview保存时，把 write cartesians这选项点一下，再存就是internal coordination的形式。

C              
C           1    1.45231259
C           2    1.45177930    1  107.83199097
C           1    1.44952058    2  108.00481196    3    0.15749167    0
C           4    1.44914021    1  108.11579206    2   -0.03248183    0
C           4    3.14565269    1   87.72104764    2   89.73313775    0
C           6    1.44695371    4   89.61687775    1   -2.28995970    0
C           7    1.45164473    6  108.17532301    4  -87.85908816    0
C           6    1.44898258    4   87.84355427    1 -110.38036368    0
C           8    1.45382778    7  107.90399278    6    0.12519680    0
Fe         10    1.93005963    8   68.14146672    7   58.87656122    0
H           1    1.09338270    4  125.84107418    5  177.69719471    0
H           2    1.09276885    1  125.84371417    4  175.67152182    0
H           5    1.09388148    4  125.48632910    1 -175.83151876    0
H           7    1.09403207    6  125.80921570    4   93.79817582    0
H           8    1.09310117    7  125.83280674    6 -175.84614409    0
H           9    1.09236644    6  125.40835865    4  -93.28015433    0
H          10    1.09239462    8  125.76170978    7 -175.46035241    0
H           6    1.09429780    4   92.27175791    1  123.59630656    0
H           4    1.09391268    1  125.92745526    2 -178.93694302    0
H           3    S             2  125.90936355    1  175.74056549    0
S=1.09026300
按您说的已经做到这一步了，然后是不是要手动把这些数字都弄成变量
比如把最后H和3号碳原子的键长设为S，令S=1.09026300即可
最右边那一串0是什么意思？我看其他人的输入文件里好像没这串0
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10楼2012-07-11 15:37:58
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