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nedved33金虫 (小有名气)
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[求助]
这种形式的坐标该怎么得到？
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想对过渡态做scan，好像要求的坐标不是笛卡尔坐标，在论坛里的帖子里看到这种形式的坐标，我想问下，类似下面这种坐标该怎么转换得到？可以自动生成吗？ %chk=C6H12O2.chk # b3lyp/6-311+g(d,p) scf=maxcycle=1000 scan C6H6O2 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 0 C 4 B4 3 A3 2 D2 0 C 5 B5 4 A4 3 D3 0 O 1 B6 2 A5 3 D4 0 O 6 B7 5 A6 4 D5 0 H 1 B8 7 A7 2 D6 0 H 2 B9 1 A8 7 D7 0 H 3 B10 2 A9 1 D8 0 H 4 B11 3 A10 2 D9 0 H 5 B12 4 A11 3 D10 0 H 6 B13 5 A12 4 D11 0 B1 1.47001481 B2 1.35213504 B3 1.44805746 B4 1.34807607 B5 1.46873534 B6 1.21337327 B7 1.21177979 B8 1.10663924 B9 1.08542210 B10 1.08739136 B11 1.08640585 B12 1.08633080 B13 1.11068087 A1 125.94532223 A2 127.11728249 A3 123.17323344 A4 121.42916035 A5 122.70659721 A6 124.00116584 A7 119.98704577 A8 114.47240470 A9 117.57370885 A10 118.75448281 A11 121.87705051 A12 115.15090368 D1 0.01346178 D2 179.92161275 S 180 1.0 D3 -179.98264803 D4 -179.99936667 D5 179.98132399 D6 -179.99685447 D7 0.01790071 D8 -179.97661468 D9 -0.06752315 D10 0.01014314 D11 -0.01875418 另外想问一下，经常在一些帖子里看到震荡，有能量震荡，力震荡，位移震荡，请问这个是怎么回事，在输出文件里可以看到吗？具体该怎么看啊，是不是IRC扫描出来的这种图  |
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nedved33
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7楼2012-07-11 09:27:51
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【答案】应助回帖
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gmy1990: 金币+2 2012-07-09 20:58:23
nedved33: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-07-11 09:26:10
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nedved33: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-07-11 09:26:10
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你是要得到那个震荡的图吗 ？？ 自己没做出过那个图是吧！！ 那个是优化就可以看见的， 比如你优化一个结构，得到输出文件1.log 打开高斯view---file---open----找到1.log----注意，把下面方框里的钩打上----ok----这不就打开了吗能看到结构了吧----再点result----optimization---- 好了 曲线出来了 够详细吗 这个总能量曲线说的就是 优化过程中 每一步的能量 如果震荡了 会造成优化不出来 就得适当调节了 |
4楼2012-07-09 20:14:27
mchen10
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5楼2012-07-10 05:06:26
10