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nedved33

金虫 (小有名气)

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专业: 质谱分析

[求助] 这种形式的坐标该怎么得到？

想对过渡态做scan，好像要求的坐标不是笛卡尔坐标，在论坛里的帖子里看到这种形式的坐标，我想问下，类似下面这种坐标该怎么转换得到？可以自动生成吗？
%chk=C6H12O2.chk
# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=maxcycle=1000  scan

C6H6O2

0 1
C
C                1          B1
C                2          B2 1          A1
C                3          B3 2          A2 1          D1 0
C                4          B4 3          A3 2          D2 0
C                5          B5 4          A4 3          D3 0
O                1          B6 2          A5 3          D4 0
O                6          B7 5          A6 4          D5 0
H                1          B8 7          A7 2          D6 0
H                2          B9 1          A8 7          D7 0
H                3          B10 2          A9 1          D8 0
H                4          B11 3          A10 2          D9 0
H                5          B12 4          A11 3          D10 0
H                6          B13 5          A12 4          D11 0

B1          1.47001481
B2          1.35213504
B3          1.44805746
B4          1.34807607
B5          1.46873534
B6          1.21337327
B7          1.21177979
B8          1.10663924
B9          1.08542210
B10          1.08739136
B11          1.08640585
B12          1.08633080
B13          1.11068087
A1          125.94532223
A2          127.11728249
A3          123.17323344
A4          121.42916035
A5          122.70659721
A6          124.00116584
A7          119.98704577
A8          114.47240470
A9          117.57370885
A10       118.75448281
A11       121.87705051
A12       115.15090368
D1          0.01346178
D2          179.92161275  S 180  1.0
D3       -179.98264803
D4       -179.99936667
D5          179.98132399
D6       -179.99685447
D7          0.01790071
D8       -179.97661468
D9          -0.06752315
D10          0.01014314
D11          -0.01875418

另外想问一下，经常在一些帖子里看到震荡，有能量震荡，力震荡，位移震荡，请问这个是怎么回事，在输出文件里可以看到吗？具体该怎么看啊，是不是IRC扫描出来的这种图

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