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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 6%变性聚丙酰胺凝胶电泳SSR引物筛选
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)

[交流] 6%变性聚丙酰胺凝胶电泳SSR引物筛选 已有6人参与

我是SSR引物筛选新手，有好多问题呀，请各位高手指点迷津~
（1）我是跑的六一厂24B型号，很小的那种垂直电泳槽，染色时胶要与玻璃板脱离，我做的是1mm的6%变性聚丙烯酰胺凝胶，在固定、染色、显色的过程中要转移凝胶，胶很容易就弄碎了，请问有什么好方法可以防止胶块碎裂啊？
（2）我用的500ml的显色液，将两块胶一起染色，显色液中包括15g的Na2CO3，750ul的甲醛溶液和50ul的硫代硫酸钠，我是先将Na2CO3溶解在500ml的蒸馏水中，放入冰箱冷却，拿出来后再加入甲醛和硫代硫酸钠。在显色过程中显色不均是什么原因啊？就是条带有的出现的早有的出现的晚，最后导致有的染的特别深，有的染的特别浅。
（3）我用的方法都与之前师兄师姐跑的那种最大的玻璃板是一致的，只是因为胶更小，所以我用的试剂都按一定比例缩小了，就如上面的显色液的配方，缩小了1/4，这样做可行吗？
问题还有很多，急需各位帮助，谢谢啊！
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fighting~
1楼 2012-06-30 12:44:47
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 虫虫博士 at 2012-07-02 14:20:16
2. 染色深浅不一，还是因为染色或显色液不能均匀覆盖胶块，建议一个槽中凝胶不要放的太多，染色液特别是显色液尽量多些，使胶块充分地浸在水中。

嗯，摇晃的速度对显色好染色的影响大吗？另外，我做的那种小型的变性胶中点样孔内的尿素吹出来有点麻烦，你们实验室有没有什么好方法啊？
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fighting~
9楼2012-07-02 19:14:40
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1、“胶块碎裂”是不是你配制的胶有问题。配方是不是存在问题。
2、显色有深有浅，不知道是不是你的胶厚薄不均一？这种情况在我们实验室也出现过。
3、缩小了1/4是什意思？浓度应该还是没变的，只是按比例减少而已。
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
2楼2012-07-01 10:05:43
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 游侠892 at 2012-07-01 10:05:43
1、“胶块碎裂”是不是你配制的胶有问题。配方是不是存在问题。
2、显色有深有浅，不知道是不是你的胶厚薄不均一？这种情况在我们实验室也出现过。
3、缩小了1/4是什意思？浓度应该还是没变的，只是按比例减少而已 ...

1.我的配方是1LPAGE中含420g的尿素和150ml的丙烯酰胺/双丙烯酰胺（19:1）原液，100ml的10xTBE。之前师姐跑大板是用的这个配方，她用着没问题。但我也不清楚换做我这种小板会不会有什么问题···
2.‘胶的厚薄不一’我觉得应该不可能，我两块玻璃之间都是由一样厚度的胶条隔开的，下方没有放胶条，除了插梳子的那一面我都用胶带封好了，也没见漏胶.在凝胶时也感觉放平了···
3.就是浓度没变，只是按比例减少的意思。不知道这样转移使用本身有木有问题···
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fighting~
3楼2012-07-01 16:12:40
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虫虫博士

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1.胶易破碎，可能是因为染色-冲洗-显色等步骤，摇晃力道太大以及转移次数太多。我所有过程只用一个塑料盒，放到摇床上低速摇动，一帮不会烂胶，你可以试试。
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4楼2012-07-02 14:14:57
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