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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)

[交流] 6%变性聚丙酰胺凝胶电泳SSR引物筛选 已有6人参与

我是SSR引物筛选新手,有好多问题呀,请各位高手指点迷津~
(1)我是跑的六一厂24B型号,很小的那种垂直电泳槽,染色时胶要与玻璃板脱离,我做的是1mm的6%变性聚丙烯酰胺凝胶,在固定、染色、显色的过程中要转移凝胶,胶很容易就弄碎了,请问有什么好方法可以防止胶块碎裂啊?
(2)我用的500ml的显色液,将两块胶一起染色,显色液中包括15g的Na2CO3,750ul的甲醛溶液和50ul的硫代硫酸钠,我是先将Na2CO3溶解在500ml的蒸馏水中,放入冰箱冷却,拿出来后再加入甲醛和硫代硫酸钠。在显色过程中显色不均是什么原因啊?就是条带有的出现的早有的出现的晚,最后导致有的染的特别深,有的染的特别浅。
(3)我用的方法都与之前师兄师姐跑的那种最大的玻璃板是一致的,只是因为胶更小,所以我用的试剂都按一定比例缩小了,就如上面的显色液的配方,缩小了1/4,这样做可行吗?
问题还有很多,急需各位帮助,谢谢啊!
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fighting~
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)


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1、“胶块碎裂”是不是你配制的胶有问题。配方是不是存在问题。
2、显色有深有浅,不知道是不是你的胶厚薄不均一?这种情况在我们实验室也出现过。
3、缩小了1/4是什意思?浓度应该还是没变的,只是按比例减少而已。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
2楼2012-07-01 10:05:43
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 游侠892 at 2012-07-01 10:05:43
1、“胶块碎裂”是不是你配制的胶有问题。配方是不是存在问题。
2、显色有深有浅,不知道是不是你的胶厚薄不均一?这种情况在我们实验室也出现过。
3、缩小了1/4是什意思?浓度应该还是没变的,只是按比例减少而已 ...

1.我的配方是1LPAGE中含420g的尿素和150ml的丙烯酰胺/双丙烯酰胺(19:1)原液,100ml的10xTBE。之前师姐跑大板是用的这个配方,她用着没问题。但我也不清楚换做我这种小板会不会有什么问题···
2.‘胶的厚薄不一’我觉得应该不可能,我两块玻璃之间都是由一样厚度的胶条隔开的,下方没有放胶条,除了插梳子的那一面我都用胶带封好了,也没见漏胶.在凝胶时也感觉放平了···
3.就是浓度没变,只是按比例减少的意思。不知道这样转移使用本身有木有问题···
fighting~
3楼2012-07-01 16:12:40
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虫虫博士

新虫 (小有名气)


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1.胶易破碎,可能是因为染色-冲洗-显色等步骤,摇晃力道太大以及转移次数太多。我所有过程只用一个塑料盒,放到摇床上低速摇动,一帮不会烂胶,你可以试试。
4楼2012-07-02 14:14:57
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虫虫博士

新虫 (小有名气)


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2. 染色深浅不一,还是因为染色或显色液不能均匀覆盖胶块,建议一个槽中凝胶不要放的太多,染色液特别是显色液尽量多些,使胶块充分地浸在水中。
5楼2012-07-02 14:20:16
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虫虫博士

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
3. 染色/显色液的浓度本来就是可以调节的,只要能显出清晰的条带,就没有问题,可以继续使用。
6楼2012-07-02 14:22:50
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 虫虫博士 at 2012-07-02 14:14:57
1.胶易破碎,可能是因为染色-冲洗-显色等步骤,摇晃力道太大以及转移次数太多。我所有过程只用一个塑料盒,放到摇床上低速摇动,一帮不会烂胶,你可以试试。

嗯,今天打算这样做,谢谢!
fighting~
7楼2012-07-02 19:09:37
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 虫虫博士 at 2012-07-02 14:22:50
3. 染色/显色液的浓度本来就是可以调节的,只要能显出清晰的条带,就没有问题,可以继续使用。

谢谢~
fighting~
8楼2012-07-02 19:11:46
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 虫虫博士 at 2012-07-02 14:20:16
2. 染色深浅不一,还是因为染色或显色液不能均匀覆盖胶块,建议一个槽中凝胶不要放的太多,染色液特别是显色液尽量多些,使胶块充分地浸在水中。

嗯,摇晃的速度对显色好染色的影响大吗?另外,我做的那种小型的变性胶中点样孔内的尿素吹出来有点麻烦,你们实验室有没有什么好方法啊?
fighting~
9楼2012-07-02 19:14:40
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XiaoyanY

新虫 (初入文坛)

10楼2012-07-08 15:38:40
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