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对同源模拟得到的受体是否需要保留晶体结构中的水 已有1人参与
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在用AMBER构建一个系统的时候，受体由于是他人采用两个PDB结构所构建出来的，我得到的是一个不含水的受体。因此，就想请教下在构建MD系统的时候是否需要将两模板中的水加入到得到的受体中去？ 我加进去看了下，发现部分水与受体残基靠的太近，估计在同源模建的时候，对受体进行了相应的优化。 请大家说说怎么办？谢谢。 |
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