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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 对同源模拟得到的受体是否需要保留晶体结构中的水
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yeli210

金虫 (小有名气)

[交流] 对同源模拟得到的受体是否需要保留晶体结构中的水 已有1人参与

在用AMBER构建一个系统的时候，受体由于是他人采用两个PDB结构所构建出来的，我得到的是一个不含水的受体。因此，就想请教下在构建MD系统的时候是否需要将两模板中的水加入到得到的受体中去？

我加进去看了下，发现部分水与受体残基靠的太近，估计在同源模建的时候，对受体进行了相应的优化。

请大家说说怎么办？谢谢。
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1楼 2012-06-28 09:23:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-28 11:17:44
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机溶剂反应中时的影响时，会根据需要保存一部分水分子，看你这种情况，没有必要将初始的水分子加入进去
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2楼2012-06-28 09:44:41
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yeli210

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机 ...

恩。谢谢了。在平时做MD的时候，对直接来自PDB的受体结构，我一般还是将晶体水加进去的。
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3楼2012-06-28 10:33:39
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yeli210

金虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机 ...

还有个问题，就是有时发现链末端Glu残基中有OT1，OT2命名的原子，不被leap所识别。google后发现，这个命名是charmm特有的，而在PDB格式中对应O和OXT，但是在给残基中已经有了个命名为O的原子，且坐标与OT1/2都不一样，因此没法通过改名称去解决。我处理的时候直接将OT1/2删除，leap也是没问题的。不知道还有什么更好的解决办法？
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4楼2012-06-28 10:39:20
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yeli210

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机 ...

还有个问题，就是有时发现链末端Glu残基中有OT1，OT2命名的原子，不被leap所识别。google后发现，这个命名是charmm特有的，而在PDB格式中对应O和OXT，但是在给残基中已经有了个命名为O的原子，且坐标与OT1/2都不一样，因此没法通过改名称去解决。我处理的时候直接将OT1/2删除，leap也是没问题的。不知道还有什么更好的解决办法？
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5楼2012-06-28 10:39:27
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by yeli210 at 2012-06-28 10:39:20
还有个问题，就是有时发现链末端Glu残基中有OT1，OT2命名的原子，不被leap所识别。google后发现，这个命名是charmm特有的，而在PDB格式中对应O和OXT，但是在给残基中已经有了个命名为O的原子，且坐标与OT1/2都不一 ...

哥们，俺做MD用的是GMX,所以关于AMBER的问题我可能没法帮您解决~见谅~
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yeli210
6楼2012-06-28 10:52:05
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yeli210

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 10:52:05
哥们，俺做MD用的是GMX,所以关于AMBER的问题我可能没法帮您解决~见谅~...

恩。谢谢了。
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7楼2012-06-29 09:59:22
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