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yeli210

金虫 (小有名气)

[交流] 对同源模拟得到的受体是否需要保留晶体结构中的水 已有1人参与

在用AMBER构建一个系统的时候,受体由于是他人采用两个PDB结构所构建出来的,我得到的是一个不含水的受体。因此,就想请教下在构建MD系统的时候是否需要将两模板中的水加入到得到的受体中去?

我加进去看了下,发现部分水与受体残基靠的太近,估计在同源模建的时候,对受体进行了相应的优化。

请大家说说怎么办?谢谢。
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yeli210

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下,在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的,然后在MD的过程中加上不同类型的水分子,比如TIP3P,TIP4P等,不过在有的文献中,会报道有些必须的结合水(比如涉及活性位点的),以及研究水活度在酶处于有机 ...

恩。谢谢了。在平时做MD的时候,对直接来自PDB的受体结构,我一般还是将晶体水加进去的。
3楼2012-06-28 10:33:39
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-28 11:17:44
正常情况下,在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的,然后在MD的过程中加上不同类型的水分子,比如TIP3P,TIP4P等,不过在有的文献中,会报道有些必须的结合水(比如涉及活性位点的),以及研究水活度在酶处于有机溶剂反应中时的影响时,会根据需要保存一部分水分子,看你这种情况,没有必要将初始的水分子加入进去
2楼2012-06-28 09:44:41
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yeli210

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下,在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的,然后在MD的过程中加上不同类型的水分子,比如TIP3P,TIP4P等,不过在有的文献中,会报道有些必须的结合水(比如涉及活性位点的),以及研究水活度在酶处于有机 ...

还有个问题,就是有时发现链末端Glu残基中有OT1,OT2命名的原子,不被leap所识别。google后发现,这个命名是charmm特有的,而在PDB格式中对应O和OXT,但是在给残基中已经有了个命名为O的原子,且坐标与OT1/2都不一样,因此没法通过改名称去解决。我处理的时候直接将OT1/2删除,leap也是没问题的。不知道还有什么更好的解决办法?
4楼2012-06-28 10:39:20
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yeli210

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下,在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的,然后在MD的过程中加上不同类型的水分子,比如TIP3P,TIP4P等,不过在有的文献中,会报道有些必须的结合水(比如涉及活性位点的),以及研究水活度在酶处于有机 ...

还有个问题,就是有时发现链末端Glu残基中有OT1,OT2命名的原子,不被leap所识别。google后发现,这个命名是charmm特有的,而在PDB格式中对应O和OXT,但是在给残基中已经有了个命名为O的原子,且坐标与OT1/2都不一样,因此没法通过改名称去解决。我处理的时候直接将OT1/2删除,leap也是没问题的。不知道还有什么更好的解决办法?
5楼2012-06-28 10:39:27
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