应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 对同源模拟得到的受体是否需要保留晶体结构中的水
51/1返回列表
查看: 1324  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yeli210

金虫 (小有名气)

[交流] 对同源模拟得到的受体是否需要保留晶体结构中的水 已有1人参与

在用AMBER构建一个系统的时候，受体由于是他人采用两个PDB结构所构建出来的，我得到的是一个不含水的受体。因此，就想请教下在构建MD系统的时候是否需要将两模板中的水加入到得到的受体中去？

我加进去看了下，发现部分水与受体残基靠的太近，估计在同源模建的时候，对受体进行了相应的优化。

请大家说说怎么办？谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-28 09:23:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yeli210

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机 ...

恩。谢谢了。在平时做MD的时候，对直接来自PDB的受体结构，我一般还是将晶体水加进去的。
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-28 10:33:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-28 11:17:44
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机溶剂反应中时的影响时，会根据需要保存一部分水分子，看你这种情况，没有必要将初始的水分子加入进去
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-28 09:44:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yeli210

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机 ...

还有个问题，就是有时发现链末端Glu残基中有OT1，OT2命名的原子，不被leap所识别。google后发现，这个命名是charmm特有的，而在PDB格式中对应O和OXT，但是在给残基中已经有了个命名为O的原子，且坐标与OT1/2都不一样，因此没法通过改名称去解决。我处理的时候直接将OT1/2删除，leap也是没问题的。不知道还有什么更好的解决办法？
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-28 10:39:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yeli210

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-28 09:44:41
正常情况下，在做MD之前是需要把所有水分子都给去掉的，然后在MD的过程中加上不同类型的水分子，比如TIP3P,TIP4P等，不过在有的文献中，会报道有些必须的结合水（比如涉及活性位点的），以及研究水活度在酶处于有机 ...

还有个问题，就是有时发现链末端Glu残基中有OT1，OT2命名的原子，不被leap所识别。google后发现，这个命名是charmm特有的，而在PDB格式中对应O和OXT，但是在给残基中已经有了个命名为O的原子，且坐标与OT1/2都不一样，因此没法通过改名称去解决。我处理的时候直接将OT1/2删除，leap也是没问题的。不知道还有什么更好的解决办法？
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-28 10:39:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +4 m永o不v言o弃m 2026-04-09 4/200 2026-04-10 11:30 by asy1wn
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +22 土豆er? 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 10:58 by 高维春
[考研] 材料调剂 +5 hzhahg 2026-04-06 5/250 2026-04-10 10:10 by may_新宇
[考研] 292求调剂 +9 笑笑袁 2026-04-09 9/450 2026-04-10 10:05 by LHGeng
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +16 路痴小琪 2026-04-05 16/800 2026-04-10 08:08 by kangsm
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +4 candyyyi 2026-04-09 4/200 2026-04-09 18:39 by l_paradox
[考研] 招收有机化学、化工，药学，食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
[考研] 机械专硕273请求调剂 +6 庚申壬申 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:41 by bljnqdcc
[考研] 285求调剂 +12 AZMK 2026-04-05 18/900 2026-04-08 20:43 by 逆水乘风
[考研] 求调剂，现在还能填的 +3 上岸小莹加油 2026-04-08 3/150 2026-04-08 14:30 by zhq0425
[考研] 331求调剂 +5 张元一 2026-04-07 6/300 2026-04-07 22:13 by hemengdong
[考研] 338求调剂 +5 小猪红色 678 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:18 by 乔哒哒哒
[考研] 285求调剂 +15 哦呦呼o 2026-04-04 17/850 2026-04-06 23:02 by chenzhimin
[考研] 0857大类环境工程B区求调剂 +3 龚禹铭 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 302分 085601求调剂推荐 +11 zyx上岸！ 2026-04-05 11/550 2026-04-05 22:13 by dongzh2009
[考研] 348求调剂 +3 车厘子zzz 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:30 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:46 by imissbao
[考研] 278求调剂 +14 范婷娜 2026-04-04 15/750 2026-04-04 22:15 by lqwchd
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭