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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 计算费米面时遇到的问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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wilsun7

银虫 (初入文坛)

[求助] 计算费米面时遇到的问题

大家好，本人新手，在计算费米面时遇到一个问题：在运行 bands_FS.x > bands_FS.out 时没有任何反应，查看系统监视器，bands_FS.x 根本没有运行。希望大神帮我看看问题处在那。计算是参考的这个网站： http://valenhou.blog.edu.cn/2006/133295.html

以下附上本人的计算过程，希望和大家一起研究

第一步：自洽计算（pw.x < scf-FeSe.in > scf-FeSe.out）
输入文件：
&CONTROL
                 calculation = 'scf' ,
                restart_mode = 'from_scratch' ,
                  wf_collect = .true. ,
                      outdir = './tmp' ,
                  pseudo_dir = '/home/wilson/Downloads/espresso-4.3.1/Psudoptential_files',
                      prefix = 'FeSe' ,
                   verbosity = 'high'
/
&SYSTEM
                       ibrav = 0,
                   celldm(1) = 7.1148,
                         nat = 4,
                        ntyp = 2,
                        nspin = 1,
                     ecutwfc = 30.0 ,
                     ecutrho = 300.0 ,
                 occupations = 'smearing' ,
                     degauss = 0.01 ,
                    smearing = 'methfessel-paxton' ,
/
&ELECTRONS
electron_maxstep = 500,
                    conv_thr = 1.0e-10 ,
                 mixing_beta = 0.1 ,
             diagonalization = 'david' ,
/
CELL_PARAMETERS
     1.000000000    0.000000000    0.000000000
     0.000000000    1.000000000    0.000000000
     0.000000000    0.000000000    1.465600000
ATOMIC_SPECIES
Fe  55.85 Fe.pbe-sp-van.UPF
Se  78.96 Se.pbe-van.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Fe   0.250000   0.75000    0.00000
Fe   0.750000   0.25000    0.00000
Se   0.250000   0.25000    0.26000
Se   0.75000    0.75000    0.74000
K_POINTS automatic
8  8  6 1 1 1

第二步：用kvecs_FS.x产生要计算费米面时的密集网格k点（kvecs_FS.x < kvecs_FS.in > kvecs_FS.out）
kvecs_FS.in 文件如下：
kvecs_FS.in
1.000000 0.000000 0.000000
0.000000 1.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.682314
16 16 16
FeSe

然后 kvecs_FS.x < kvecs_FS.in > kvecs_FS.out
这时会生成文件kvecs_fese 包含了所有k点

第三步：进行一次非自洽计算，计算这些k点的本征值(cat scf.in kvecs_FeSe > nscf.in)
把 scf 的输入文件和生成的k点附加到nscf中。

输入文件：
&CONTROL
                 calculation = 'nscf' ,
                restart_mode = 'from_scratch' ,
                  wf_collect = .true. ,
                      outdir = './tmp' ,
                  pseudo_dir = '/home/wilson/Downloads/espresso-4.3.1/Psudoptential_files',
                      prefix = 'FeSe' ,
                   verbosity = 'high'
/
&SYSTEM
                       ibrav = 0,
                   celldm(1) = 7.1148,
                         nat = 4,
                        ntyp = 2,
                        nspin = 1,
                     ecutwfc = 30.0 ,
                     ecutrho = 300.0 ,
                 occupations = 'smearing' ,
                     degauss = 0.01 ,
                    smearing = 'methfessel-paxton' ,
/
&ELECTRONS
electron_maxstep = 500,
                    conv_thr = 1.0e-10 ,
                 mixing_beta = 0.1 ,
             diagonalization = 'david' ,
/
CELL_PARAMETERS
     1.000000000    0.000000000    0.000000000
     0.000000000    1.000000000    0.000000000
     0.000000000    0.000000000    1.465600000
ATOMIC_SPECIES
Fe  55.85 Fe.pbe-sp-van.UPF
Se  78.96 Se.pbe-van.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Fe   0.250000   0.75000    0.00000
Fe   0.750000   0.25000    0.00000
Se   0.250000   0.25000    0.26000
Se   0.75000    0.75000    0.74000
K_POINTS
  4913
    0.000000    0.000000    0.000000  1.00
    0.000000    0.000000    0.042645  1.00
    0.000000    0.000000    0.085289  1.00
      .....                .....            ......           ...
再run pw.x < nscf-FeSe.in > nscf-FeSe.out

第四步：用bands_FS.x将计算的k点以及相应的本征值，转换成xcrysden软件的bxsf格式。
首先把 nscf-FeSe.out 复制到 Bands.out
然后新建文件input_FS ：
20 24
8.8449
FeSe
16 16 16
1.000000 0.000000 0.000000
0.000000 1.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.682314

再run bands_FS.x > bands_FS.out
然后应该就可以了。我的问题出现在最后一步，前面3步一切正常。最后一步 bands_FS.x > bands_FS.out 后就没反应了。。。希望大家帮我看看问题出在哪儿。谢谢
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1楼 2012-06-27 06:44:38
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gemucai

木虫 (正式写手)
还是等牛人吧，我很惊讶现在这么多人做铁硒，都看费米面的nesting。但接下来如何做呢？
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2楼2012-06-27 08:46:07
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wilsun7

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gemucai at 2012-06-27 08:46:07
还是等牛人吧，我很惊讶现在这么多人做铁硒，都看费米面的nesting。但接下来如何做呢？

我也只是看paper时看到有人做，然后练习一下而已。。
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3楼2012-06-27 22:13:52
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wilsun7: 金币+1 2012-06-27 23:24:31
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖，鼓励交流 2012-06-29 22:04:01
貌似需要运行的命令不对？bands_FS.x > bands_FS.out
不需要输入文件？
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4楼2012-06-27 23:15:32
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wilsun7

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-06-27 23:15:32
貌似需要运行的命令不对？bands_FS.x > bands_FS.out
不需要输入文件？

输入文件是input_FS，但不知道为什么没反应，输入命令我是依照前人的，请参考：http://valenhou.blog.edu.cn/2006/133295.html
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5楼2012-06-27 23:24:08
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gemucai

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+1, 多谢提示 2012-06-28 09:36:32
wilsun7: 金币+2 2012-06-28 10:43:15
引用回帖:
5楼: Originally posted by wilsun7 at 2012-06-27 23:24:08
输入文件是input_FS，但不知道为什么没反应，输入命令我是依照前人的，请参考：http://valenhou.blog.edu.cn/2006/133295.html...

对了，不要完全按照他的来做，费米面都是我自己弄的。
他的shell脚本可要可不要，你自己复制粘贴是一样的效果。其中的a1,a2,a3其实就是你*.scf.out里的倒空间基矢b1,b2,b3，复制粘贴就行了。nabc之类的他都给你了，费米能级不用我说应该就知道上哪儿找吧？

我用着方法做过铁硒费米面，没问题，祝好运。
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6楼2012-06-28 08:26:37
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wilsun7

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gemucai at 2012-06-28 08:26:37
对了，不要完全按照他的来做，费米面都是我自己弄的。
他的shell脚本可要可不要，你自己复制粘贴是一样的效果。其中的a1,a2,a3其实就是你*.scf.out里的倒空间基矢b1,b2,b3，复制粘贴就行了。nabc之类的他都给你了 ...

谢谢，输入文件应该没问题，但就是不知道最后一步为什么不行，能否把你做的最后两步的过程发一下，我看看我问题出在哪儿，非常感谢！
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7楼2012-06-28 10:43:03
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gemucai

木虫 (正式写手)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-06-28 20:50:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by wilsun7 at 2012-06-28 10:43:03
谢谢，输入文件应该没问题，但就是不知道最后一步为什么不行，能否把你做的最后两步的过程发一下，我看看我问题出在哪儿，非常感谢！...

最后一步是
bands_FS.x bands_FS.out
侯老师写漏了。
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8楼2012-06-28 11:03:07
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wilsun7

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gemucai at 2012-06-28 11:03:07
最后一步是
bands_FS.x <bands.out> bands_FS.out
侯老师写漏了。...

非常感谢。但我运行后又出现了新问题。。
输出结果是：
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 5, file stdin
Image              PC                Routine            Line        Source            
bands_FS.x         000000000048005A  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         000000000047EB56  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         0000000000441070  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         000000000040C35E  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         000000000040B89F  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         00000000004289B3  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         00000000004271B7  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         000000000040566C  MAIN__                    353  bands_FS.f90
bands_FS.x         0000000000402BCC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F3D8EED1C4D  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         0000000000402AC9  Unknown               Unknown  Unknown

感觉像是系统编译的问题，但不知道具体怎么回事。。。
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9楼2012-06-28 22:49:58
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wilsun7: 金币+1, ★有帮助 2012-06-29 11:24:42
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-06-29 22:04:28
应该是out这种格式。所以括号里应跟input文件

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2012-06-28 23:17:17
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