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请帮忙编写一个perl程序处理文本(提取GI号) 已有1人参与
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现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，是Blastx的结果，内容如下： gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,33.96,106,70,0,406,723,256,361,5e-014,72.0 gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,30.43,161,107,3,244,711,28,188,7e-013,68.2 gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,32.31,130,84,2,334,711,180,309,1e-012,67.4 gi|293567065|gb|FS329521.1|FS329521,gi|388506924|gb|AFK41528.1|,42.27,220,115,1,107,766,67,274,9e-043, 167 gi|293567064|gb|FS329520.1|FS329520,gi|388510998|gb|AFK43565.1|,80.84,167,32,0,239,739,16,182,1e-079, 289 。。。。。。 后面还有很多序列，总共大概3M左右。 现在想提取前面核酸序列的GI号：gi|293567070，gi|293567065。。。输出为txt文本，其中重复的只输出一个， 另外，再输出一个文本，提取后面蛋白序列的GI号：gi|219980050，gi|388506924。。。重复的也是只输出一个。 各位大虾，请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了！ |
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bovine
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【答案】应助回帖
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#!/usr/bin/perl -w use strict; open FH,'<','C:\Users\Administrator\Desktop\1.txt' or die "Cannot open this file $!"; open OUT, '>>','C:\Users\Administrator\Desktop\2.txt'; print OUT "核酸gi\t\t蛋白gi\n"; while (<FH>  {chomp; push my @cut, split("gb",$_); foreach (@cut){ if (m/^(gi\|\d+\|)/){ print OUT $1."\t"; }elsif (m/(gi\|\d+\|)/){ print OUT $1."\n"; } } } close FH; close OUT; |
8楼2013-11-05 22:38:18
longwen36
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christina1213
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【答案】应助回帖
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#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open (IN, "<1.txt" ;open (OUT, ">>out.txt" ;while (my $line= my @cut=split("|gb|",$line); print OUT $cut[0]."\n"; } close IN; close OUT; 去重的话用EXCEL吧，一下就搞定了，不用写程序。 |
3楼2012-06-25 20:04:52
libralibra
至尊木虫 (著名写手)
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4楼2012-06-26 00:04:46
