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湖人湖人

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本(提取GI号) 已有1人参与

现在我碰到这样一个问题,我有一个文本文件1.txt,是Blastx的结果,内容如下:
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,33.96,106,70,0,406,723,256,361,5e-014,72.0
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,30.43,161,107,3,244,711,28,188,7e-013,68.2
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,32.31,130,84,2,334,711,180,309,1e-012,67.4
gi|293567065|gb|FS329521.1|FS329521,gi|388506924|gb|AFK41528.1|,42.27,220,115,1,107,766,67,274,9e-043, 167
gi|293567064|gb|FS329520.1|FS329520,gi|388510998|gb|AFK43565.1|,80.84,167,32,0,239,739,16,182,1e-079, 289
。。。。。。
后面还有很多序列,总共大概3M左右。
现在想提取前面核酸序列的GI号:gi|293567070,gi|293567065。。。输出为txt文本,其中重复的只输出一个,
另外,再输出一个文本,提取后面蛋白序列的GI号:gi|219980050,gi|388506924。。。重复的也是只输出一个。
各位大虾,请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊?谢谢了!
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)

用正则表达式吧,规律一样的话。用matlab我会。
2楼2012-06-25 12:49:44
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