24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

湖人湖人

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 5359.2
帖子: 85
在线: 244.8小时
虫号: 584191
注册: 2008-08-01
专业: 植物遗传学

[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本(提取GI号) 已有1人参与

现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，是Blastx的结果，内容如下：
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,33.96,106,70,0,406,723,256,361,5e-014,72.0
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,30.43,161,107,3,244,711,28,188,7e-013,68.2
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,32.31,130,84,2,334,711,180,309,1e-012,67.4
gi|293567065|gb|FS329521.1|FS329521,gi|388506924|gb|AFK41528.1|,42.27,220,115,1,107,766,67,274,9e-043, 167
gi|293567064|gb|FS329520.1|FS329520,gi|388510998|gb|AFK43565.1|,80.84,167,32,0,239,739,16,182,1e-079, 289
。。。。。。
后面还有很多序列，总共大概3M左右。
现在想提取前面核酸序列的GI号：gi|293567070，gi|293567065。。。输出为txt文本，其中重复的只输出一个，
另外，再输出一个文本，提取后面蛋白序列的GI号：gi|219980050，gi|388506924。。。重复的也是只输出一个。
各位大虾，请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了！

回复此楼

» 猜你喜欢

上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士已经有6人回复
带资进组求博导收留已经有11人回复
自荐读博已经有5人回复
求个博导看看已经有16人回复
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生已经有4人回复
求助院士们，这个如何合成呀已经有4人回复
临港实验室与上科大联培博士招生1名已经有9人回复
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？已经有6人回复
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章已经有11人回复
中科院杭州医学所招收博士生一名（生物分析化学、药物递送）已经有3人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

请帮忙编写一个perl程序处理文本已经有26人回复
Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！已经有3人回复
编写一个程序处理文本内容，删除长度<10，开头的，不以CTG结尾的那些序列已经有7人回复
请教Windows系统下perl脚本的ARGV应用问题，谢谢已经有5人回复
求助用perl语言编一个程序把一个文件分成两个文件已经有3人回复
程序语言版拟开新子版“Shell&Perl&Python” 已经有10人回复
写了一个fortran90的小程序，编译通不过，请大侠帮忙已经有59人回复
求助一个perl 使用svg，最好要中文的。谢谢！已经有1人回复

1楼 2012-06-25 11:57:12

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

湖人湖人

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 5359.2
帖子: 85
在线: 244.8小时
虫号: 584191
注册: 2008-08-01
专业: 植物遗传学

谢谢楼上各位的回复和帮助！对perl程序不太懂，只会简单的运行而已。
根据2楼的程序和提醒，现在问题基本解决了。谢谢各位！

赞一下

回复此楼

7楼2012-06-30 21:11:33

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 9 个回答

longwen36

铁杆木虫 (正式写手)

应助: 11 (小学生)
金币: 6165.9
红花: 16
帖子: 344
在线: 208.4小时
虫号: 766090
注册: 2009-05-08
性别: GG
专业: 功能陶瓷

用正则表达式吧，规律一样的话。用matlab我会。

赞一下

回复此楼

2楼2012-06-25 12:49:44

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

christina1213

木虫 (正式写手)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 4201.9
散金: 20
帖子: 657
在线: 117.7小时
虫号: 599542
注册: 2008-09-11
专业: 生物信息学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
湖人湖人: 金币+10, ★有帮助, 用Excel删除重复项 2012-06-25 21:57:16
xzhdty: 金币+1, 谢谢 2012-06-26 06:19:02
湖人湖人: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-26 21:02:39

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open (IN, "<1.txt"