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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 急，电脑上装的DS2.5做小分子的minimization后DS就崩溃了的。
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

[求助] 急，电脑上装的DS2.5做小分子的minimization后DS就崩溃了的。

我是一个DS的初学者，没有经验的。我想找个小分子和受体蛋白练练手的，其中受体蛋白加了力场后经过minimization是可以能量优化的。但是我小分子加了力场后再进行minimization，点击运行后，DS就不行了的（点击页面没有反应的）:Job栏中status显示System error；换了好多小分子都是这样的。这个是怎么回事啊?
麻烦哥哥姐姐们给我帮助的，感激涕零。
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1楼 2012-06-24 23:11:06
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-26 08:23:53
zhouzhiguang: 金币+1, ★有帮助 2012-06-27 20:06:31
可能是你的电脑内存不够，一次性跑的步数太大的话就会出错。你可以把计算步数设的小一些，分几次续跑试试
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2楼2012-06-26 07:47:07
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)
但是关键大分子都可以的，为啥小分子不行的啦。再说我的机子虽然说不上很好，但内存也有一G大的呀。还有我想问一下界面上的protocal上的内容是不是在tool上都能找到的？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2012-06-26 13:42:41
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-27 10:38:43
zhouzhiguang: 金币+1, ★有帮助 2012-06-27 20:06:50
...楼主别说你1g内存了，我8g内存都挂过，你你开始需要摸参数条件的，建议你用protocal操作，可以修改参数，tool里有些功能是默认参数
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4楼2012-06-27 07:20:58
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phdd

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-27 12:07:21
看看LOG文件，你这样描述也不知道是什么错误
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5楼2012-06-27 11:46:13
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-06-27 07:20:58
...楼主别说你1g内存了，我8g内存都挂过，你你开始需要摸参数条件的，建议你用protocal操作，可以修改参数，tool里有些功能是默认参数

不好意思 protocal的修改参数是在哪里的啊？我刚刚玩的啊 ，谢谢。对了，我想问您一下就是protocal里的功能是不是都可以用tool实现的啊
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6楼2012-06-27 12:37:17
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by phdd at 2012-06-27 11:46:13
看看LOG文件，你这样描述也不知道是什么错误

是在不好意思的啊 log文件在哪里找的啊 我找到后马上发给你的
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7楼2012-06-27 12:38:42
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-28 09:05:18
你选中protocol里面的相应功能功能以后就会在屏幕右下方出现相应的参数选项可以修改，不清楚是什么意思的 话可以看help，
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8楼2012-06-28 08:53:08
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