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kaegi

金虫 (小有名气)

[求助] 下面两个物种需不需要做bsse矫正？

有一个反应是Rh(I)-SiR3络合物与苯乙氰，SiSi试剂反应，计算的时候把这三者作为起始点。首先Rh络合物与苯乙氰反应形成物种A，然后A再反应生成Rh-Ph络合物和硅异氰。接着Rh-Ph与Si试剂反应得到物种C。
我的问题是
1.对于物种A做Bsse矫正时把A中的Rh和SiR3分到同一碎片里面，并制定其电荷和自选多重度分别为0 1是否正确？
2.对于物种B和C是否也要做Bsse矫正？如果需要，具体是如何划分碎片和电荷的？




[ Last edited by kaegi on 2012-6-20 at 15:39 ]
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1楼 2012-06-20 15:37:16
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kaegi

金虫 (小有名气)
没人理啊自己顶
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2楼2012-06-21 10:39:44
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2012-06-21 17:25:25
BSSE矫正是做结合能用的，你这个要算结合能么？
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叫老猫的兔子
3楼2012-06-21 16:55:39
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
确切地说，凡是涉及到能量加减，而这些能量计算分别包含了不同数目的基函数，就要考虑进行BSSE校正。结合能是其中一种。

楼主这个可能需要进行加减以计算反应能，而且不同分子种类包含了不同电子数目，也就是有不同的基函数数目，当然存在BSSE校正问题。

那是否一定要校正呢？不是的，这取决于能量计算是否已经达到基组极限。比如，你用MP2/6-31g*和MP2/6-311g**计算得到的反应能可能是不一样的。但是如果使用超级大的基组，比如aug-cc-pVQZ，这时候，进一步增加基组得到的反应能是一样的，收敛了，就无需BSSE。
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4楼2012-06-22 07:24:11
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

纠正一下，发现楼主的4个体系包含的电子数目一样多, 那每个体系的基函数就一样多，因此，如果仅是比较这4个超分子的能量，无需BSSE校正。
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5楼2012-06-22 07:31:55
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kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-06-22 07:24:11
确切地说，凡是涉及到能量加减，而这些能量计算分别包含了不同数目的基函数，就要考虑进行BSSE校正。结合能是其中一种。

楼主这个可能需要进行加减以计算反应能，而且不同分子种类包含了不同电子数目，也就是有不 ...

您好，感谢你的回答！
我优化对非金属元素用6-31G(d)，金属元素lanl2dz得到Gibbs自由能矫正，再加上6-311+G**(非金属元素)/SDD(金属元素)计算的单点溶剂化能作为我的最终能量。这种应该情况下，gibbs自由能的矫正能应该是没有达到基组极限吧。
另外四个体系中加号并不是表示各个分子都在一起，而是独立的，所以计算的时候基函数并不是一样多，所以仍然需要计算Bsse。是这样吗？
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6楼2012-06-25 14:57:06
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kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-21 16:55:39
BSSE矫正是做结合能用的，你这个要算结合能么？

这个需要比较各个物种之间的相对能量高低，确切地说不算是结合能，而是反应能，各个物种之间都有明确的化学键断裂。不知道这种情况下是不是需要考虑bsse
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7楼2012-06-25 15:01:24
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gujing136

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
7楼: Originally posted by kaegi at 2012-06-25 15:01:24
这个需要比较各个物种之间的相对能量高低，确切地说不算是结合能，而是反应能，各个物种之间都有明确的化学键断裂。不知道这种情况下是不是需要考虑bsse...

可以考虑做一个
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叫老猫的兔子
8楼2012-06-25 15:19:45
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kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-25 15:19:45
可以考虑做一个...

如果考虑做的话，fragment的指定就比较疑惑了。因为涉及化学键的断裂，那么fragment到底是指定为自由基呢还是离子呢？这一点让我很迷惑。
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9楼2012-06-25 16:10:41
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by kaegi at 2012-06-25 16:10:41
如果考虑做的话，fragment的指定就比较疑惑了。因为涉及化学键的断裂，那么fragment到底是指定为自由基呢还是离子呢？这一点让我很迷惑。...

看你的中间过程啦，这个你要对机理熟悉了··
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叫老猫的兔子
10楼2012-06-25 16:14:19
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