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汕头大学海洋科学接受调剂
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kaegi

金虫 (小有名气)

[求助] 下面两个物种需不需要做bsse矫正?

有一个反应是Rh(I)-SiR3络合物与苯乙氰,SiSi试剂反应,计算的时候把这三者作为起始点。首先Rh络合物与苯乙氰反应形成物种A,然后A再反应生成Rh-Ph络合物和硅异氰。接着Rh-Ph与Si试剂反应得到物种C。
我的问题是
1.对于物种A做Bsse矫正时把A中的Rh和SiR3分到同一碎片里面,并制定其电荷和自选多重度分别为0 1是否正确?
2.对于物种B和C是否也要做Bsse矫正?如果需要,具体是如何划分碎片和电荷的?




[ Last edited by kaegi on 2012-6-20 at 15:39 ]
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kaegi

金虫 (小有名气)

没人理啊自己顶
2楼2012-06-21 10:39:44
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2012-06-21 17:25:25
BSSE矫正是做结合能用的,你这个要算结合能么?
叫老猫的兔子
3楼2012-06-21 16:55:39
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
确切地说,凡是涉及到能量加减,而这些能量计算分别包含了不同数目的基函数,就要考虑进行BSSE校正。结合能是其中一种。

楼主这个可能需要进行加减以计算反应能,而且不同分子种类包含了不同电子数目,也就是有不同的基函数数目,当然存在BSSE校正问题。

那是否一定要校正呢?不是的,这取决于能量计算是否已经达到基组极限。比如,你用MP2/6-31g*和MP2/6-311g**计算得到的反应能可能是不一样的。但是如果使用超级大的基组,比如aug-cc-pVQZ,这时候,进一步增加基组得到的反应能是一样的,收敛了,就无需BSSE。
4楼2012-06-22 07:24:11
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

纠正一下,发现楼主的4个体系包含的电子数目一样多, 那每个体系的基函数就一样多,因此,如果仅是比较这4个超分子的能量,无需BSSE校正。
5楼2012-06-22 07:31:55
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kaegi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-06-22 07:24:11
确切地说,凡是涉及到能量加减,而这些能量计算分别包含了不同数目的基函数,就要考虑进行BSSE校正。结合能是其中一种。

楼主这个可能需要进行加减以计算反应能,而且不同分子种类包含了不同电子数目,也就是有不 ...

您好,感谢你的回答!
我优化对非金属元素用6-31G(d),金属元素lanl2dz得到Gibbs自由能矫正,再加上6-311+G**(非金属元素)/SDD(金属元素)计算的单点溶剂化能作为我的最终能量。这种应该情况下,gibbs自由能的矫正能应该是没有达到基组极限吧。
另外四个体系中加号并不是表示各个分子都在一起,而是独立的,所以计算的时候基函数并不是一样多,所以仍然需要计算Bsse。是这样吗?
6楼2012-06-25 14:57:06
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kaegi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-21 16:55:39
BSSE矫正是做结合能用的,你这个要算结合能么?

这个需要比较各个物种之间的相对能量高低,确切地说不算是结合能,而是反应能,各个物种之间都有明确的化学键断裂。不知道这种情况下是不是需要考虑bsse
7楼2012-06-25 15:01:24
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

引用回帖:
7楼: Originally posted by kaegi at 2012-06-25 15:01:24
这个需要比较各个物种之间的相对能量高低,确切地说不算是结合能,而是反应能,各个物种之间都有明确的化学键断裂。不知道这种情况下是不是需要考虑bsse...

可以考虑做一个
叫老猫的兔子
8楼2012-06-25 15:19:45
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kaegi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-25 15:19:45
可以考虑做一个...

如果考虑做的话,fragment的指定就比较疑惑了。因为涉及化学键的断裂,那么fragment到底是指定为自由基呢还是离子呢?这一点让我很迷惑。
9楼2012-06-25 16:10:41
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by kaegi at 2012-06-25 16:10:41
如果考虑做的话,fragment的指定就比较疑惑了。因为涉及化学键的断裂,那么fragment到底是指定为自由基呢还是离子呢?这一点让我很迷惑。...

看你的中间过程啦,这个你要对机理熟悉了··
叫老猫的兔子
10楼2012-06-25 16:14:19
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