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系统发育树 值都低于70%,求助
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livein合肥
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[
求助
]
系统发育树 值都低于70%,求助
网上说系统发育树的值应该大于70%才有可信度,但是我做的系统发育树基本都小于这个值,是什么原因呢?是不是同源序列选取的有问题啊?我是从NCBI上选择的相似度大多均为100%的序列建的树。跪求啊
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1楼
2012-06-14 20:43:15
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【答案】应助回帖
相似度太高,没有足够的evollutionary distance去区分。
比如 AAAAA
AAATA
AATAA
来做树的话,那个bootstrap估计就是在50-55之间了,没法区分。
你可以在NCBI中输入基因名字,选取同属的ortholog 20-30个,再选几个不同属的做outgroup。
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9楼
2012-09-15 07:14:47
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2012-06-14 21:13:21
不知道楼主构建这颗系统树意欲何为?貌似都是同一个菌类的物种,而其中有一个你自己的菌种,所以大胆猜测是想鉴定菌种。如果出于这个目的,应该多加几个其他同属的物种的序列进来。
分辨率低最大的原因是因为你采用的都是同一个物种的不同基因型/单倍型,本来互相之间差异就不大,支持率当然也就不高了。一般老说,分化的越好(或者说互相之间进化产生的差异越大),支持率就相对越高。
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2楼
2012-06-14 20:57:42
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2楼
:
Originally posted by
cactus586
at 2012-06-14 20:57:42
不知道楼主构建这颗系统树意欲何为?貌似都是同一个菌类的物种,而其中有一个你自己的菌种,所以大胆猜测是想鉴定菌种。如果出于这个目的,应该多加几个其他同属的物种的序列进来。
分辨率低最大的原因是因为你采用 ...
很受教,另外,大虾我想请问一下,由于我用测定的序列在NCBI上进行比对但是只能找到这些100%的菌株序列,怎样找其他同属的物种序列呢?
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3楼
2012-06-14 21:14:36
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cactus586
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2012-06-15 00:26:43
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2012-11-11 13:38:01
在Genbank Nucleotide里面搜你的这个属名:Mortierella
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静水流深
4楼
2012-06-14 21:23:09
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