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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 系统发育树 值都低于70%，求助
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livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树 值都低于70%，求助

网上说系统发育树的值应该大于70%才有可信度，但是我做的系统发育树基本都小于这个值，是什么原因呢？是不是同源序列选取的有问题啊？我是从NCBI上选择的相似度大多均为100%的序列建的树。跪求啊
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1楼 2012-06-14 20:43:15
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cactus586

金虫 (著名写手)

流浪过的人总是想再次踏上旅途

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
livein合肥: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-14 21:13:21
不知道楼主构建这颗系统树意欲何为？貌似都是同一个菌类的物种，而其中有一个你自己的菌种，所以大胆猜测是想鉴定菌种。如果出于这个目的，应该多加几个其他同属的物种的序列进来。
分辨率低最大的原因是因为你采用的都是同一个物种的不同基因型/单倍型，本来互相之间差异就不大，支持率当然也就不高了。一般老说，分化的越好（或者说互相之间进化产生的差异越大），支持率就相对越高。
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静水流深
2楼2012-06-14 20:57:42
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lys6827

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
支持率低，也是由于物种太近，导致所选序列上的系统发育信息太少，因为支持率低的可怜。
要增加支持率，就要多选DNA片段，比如20个，或者增加至100以上
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5楼2012-06-16 12:30:35
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在雨中

金虫 (著名写手)
Mortierella
请问下楼主，这个Mortierella属到底是属于真菌届的哪一门？Fungi incertae sedis还是Zygomycota？文献中报道有出入。请明示。
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6楼2012-09-14 11:00:55
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livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 在雨中 at 2012-09-14 11:00:55
Mortierella
请问下楼主，这个Mortierella属到底是属于真菌届的哪一门？Fungi incertae sedis还是Zygomycota？文献中报道有出入。请明示。

国外一些相关文献或网站报道为Zygomycota（接合菌纲）。
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7楼2012-09-14 11:21:33
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在雨中

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by livein合肥 at 2012-09-14 11:21:33
国外一些相关文献或网站报道为Zygomycota（接合菌纲）。...

谢谢。
我也是在测序结果中发现样品中大量Mortierella angusta，至今对它属于哪个纲差异。。。
昨日在AEM上发现讨论，作者说它属于Zygomycota。
谢谢。
恭喜BT高中。
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8楼2012-09-14 13:16:28
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

相似度太高，没有足够的evollutionary distance去区分。
比如   AAAAA
         AAATA
         AATAA
来做树的话，那个bootstrap估计就是在50-55之间了，没法区分。
你可以在NCBI中输入基因名字，选取同属的ortholog 20-30个，再选几个不同属的做outgroup。
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9楼2012-09-15 07:14:47
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zhuojingfei

铁虫 (初入文坛)
看了这个终于知道为什么我用外显子序列做的树支持率不高了
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感觉就像走进了一个死胡同，怎么都出不来
10楼2014-11-13 20:38:48
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普通回帖

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cactus586 at 2012-06-14 20:57:42
不知道楼主构建这颗系统树意欲何为？貌似都是同一个菌类的物种，而其中有一个你自己的菌种，所以大胆猜测是想鉴定菌种。如果出于这个目的，应该多加几个其他同属的物种的序列进来。
分辨率低最大的原因是因为你采用 ...

很受教，另外，大虾我想请问一下，由于我用测定的序列在NCBI上进行比对但是只能找到这些100%的菌株序列，怎样找其他同属的物种序列呢？
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3楼2012-06-14 21:14:36
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cactus586

金虫 (著名写手)

流浪过的人总是想再次踏上旅途

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
livein合肥: 金币+10 2012-06-15 00:26:43
livein合肥: 金币+5 2012-11-11 13:38:01
在Genbank Nucleotide里面搜你的这个属名：Mortierella
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静水流深
4楼2012-06-14 21:23:09
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