24小时热门版块排行榜    

查看: 2262  |  回复: 7

liudiwen

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-14 11:12:10
弱弱的问一句,NAMD能用opls力场吗?

NAMD默认的是CHARMM力场,支持AMBER和GROMACS以及MARTINI力场
2楼2012-06-13 17:03:02
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-14 11:12:24
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-13 17:03:02
弱弱的问一句,NAMD能用opls力场吗?

NAMD默认的是CHARMM力场,支持AMBER和GROMACS以及MARTINI力场

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/
jiao版~貌似namd里的opls力场是charmm形式的~用起来比较麻烦~
3楼2012-06-13 20:21:58
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-14 11:12:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-13 20:21:58
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/
jiao版~貌似namd里的opls力场是charmm形式的~用起来比较麻烦~...

都作成charmm形式的了,有什么麻烦,如果不作成charmm形式,自己来做的话,那岂不是更麻烦?
4楼2012-06-13 22:29:06
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-13 20:21:58
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/
jiao版~貌似namd里的opls力场是charmm形式的~用起来比较麻烦~...

多谢提醒,
学习了
5楼2012-06-14 07:53:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liudiwen

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

6楼2012-06-14 09:51:03
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-14 17:28:13
liudiwen: 金币+30 2012-06-15 17:23:43
引用回帖:
6楼: Originally posted by liudiwen at 2012-06-14 09:51:03
大哥,你还没有说应该怎么做啊?...

更改参数 vdwGeometricSigma为yes,你就可以用OPLS力场了。参数文件在charmm主页上有呢
7楼2012-06-14 16:40:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liudiwen

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

8楼2012-06-18 09:10:36
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liudiwen 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +20 羊腰板 2026-08-21 23/1150 2026-08-25 16:34 by zsna
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 +6 ziyangfang 2026-08-25 8/400 2026-08-25 16:28 by 宝贝的猪
[基金申请] 什么时候开奖? +12 CrisMessi 2026-08-18 13/650 2026-08-25 14:40 by ZJTJZ
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见