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liudiwen

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NAMD

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1楼 2012-06-13 15:39:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-14 11:12:10
弱弱的问一句，NAMD能用opls力场吗？

NAMD默认的是CHARMM力场，支持AMBER和GROMACS以及MARTINI力场
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2楼2012-06-13 17:03:02
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-14 11:12:24
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-13 17:03:02
弱弱的问一句，NAMD能用opls力场吗？

NAMD默认的是CHARMM力场，支持AMBER和GROMACS以及MARTINI力场

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/
jiao版~貌似namd里的opls力场是charmm形式的~用起来比较麻烦~
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3楼2012-06-13 20:21:58
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xuxm03

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-14 11:12:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-13 20:21:58
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/
jiao版~貌似namd里的opls力场是charmm形式的~用起来比较麻烦~...

都作成charmm形式的了，有什么麻烦，如果不作成charmm形式，自己来做的话，那岂不是更麻烦？
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4楼2012-06-13 22:29:06
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-13 20:21:58
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/
jiao版~貌似namd里的opls力场是charmm形式的~用起来比较麻烦~...

多谢提醒，
学习了
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5楼2012-06-14 07:53:24
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liudiwen

禁虫 (正式写手)
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6楼2012-06-14 09:51:03
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-14 17:28:13
liudiwen: 金币+30 2012-06-15 17:23:43
引用回帖:
6楼: Originally posted by liudiwen at 2012-06-14 09:51:03
大哥，你还没有说应该怎么做啊？...

更改参数 vdwGeometricSigma为yes，你就可以用OPLS力场了。参数文件在charmm主页上有呢
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7楼2012-06-14 16:40:20
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liudiwen

禁虫 (正式写手)
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8楼2012-06-18 09:10:36
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