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wangqk198738

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】弱弱的问大家一下什么软件做分子模拟最好已有4人参与

俺是学蛋白质的，刚刚入道不久，接下来的发展要抽蛋白，还要结果预测，因此先到了做分子模拟，大家不知道有什么好的软件，拿来给小弟分享一下。谢了哈！有奖励的！！！

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1楼2010-06-11 09:15:42

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-11 13:43:34
wangqk198738(金币+3):谢谢了，要是能提供软件链接跟好了，Thank you ! 2010-06-12 09:36:21

主流蛋白质软件有四个, charmm, amber, gromacs 和namd
前两者都是资格很老很老的软件, 且有原配力场.
在欧美老牌的课题组中使用很广泛
缺点速度慢, 收费(几百美/欧), 是象牙塔中的软件
后两者是后起之秀青出于蓝
gmx 速度极快, 分析工具众多
但较为封闭, 力场和文件格式都是自己的
namd 兼容多种文件格式和力场, 在大规模集群上表现优异
且更有vmd 系出同门, 已实现同namd 的无缝连接

Accelrys 也有些不错的蛋白质模拟模块, 但动辄上百万的价格不是什么人都承受得了