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wangqk198738金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】弱弱的问大家一下什么软件做分子模拟最好 已有4人参与
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| 俺是学蛋白质的，刚刚入道不久，接下来的发展要抽蛋白，还要结果预测，因此先到了做分子模拟，大家不知道有什么好的软件，拿来给小弟分享一下。谢了哈！有奖励的！！！ |
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26年申博自荐-计算机视觉
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5楼2010-06-12 02:36:47
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-11 13:43:34
wangqk198738(金币+3):谢谢了，要是能提供软件链接跟好了，Thank you ! 2010-06-12 09:36:21
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-11 13:43:34
wangqk198738(金币+3):谢谢了，要是能提供软件链接跟好了，Thank you ! 2010-06-12 09:36:21
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主流蛋白质软件有四个, charmm, amber, gromacs 和namd 前两者都是资格很老很老的软件, 且有原配力场. 在欧美老牌的课题组中使用很广泛 缺点 速度慢, 收费(几百美/欧), 是象牙塔中的软件 后两者是后起之秀青出于蓝 gmx 速度极快, 分析工具众多 但较为封闭, 力场和文件格式都是自己的 namd 兼容多种文件格式和力场, 在大规模集群上表现优异 且更有vmd 系出同门, 已实现同namd 的无缝连接 Accelrys 也有些不错的蛋白质模拟模块, 但动辄上百万的价格不是什么人都承受得了 |
2楼2010-06-11 11:45:12
britney137803
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
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- 注册: 2008-04-15
- 性别: MM
- 专业: 食品科学基础
3楼2010-06-11 15:57:23
tianlus1632
木虫 (正式写手)
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- 帖子: 456
- 在线: 48.8小时
- 虫号: 621749
- 注册: 2008-10-10
- 专业: 作物种质资源与遗传育种学
4楼2010-06-11 16:12:39
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