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mengsk

金虫 (著名写手)

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[求助] MS分析二面角分布

用MS/Discover模块跑完动力学，想要分析二面角的数据，遇到了问题。把我的操作过程写下，请各位高手看看哪里有问题，请多多指教！
1. 按正常步骤跑完MD，总时间100 ps，没10 fs输出一次构型；
2. 选择所需分析的二面角，选择菜单栏里的 Edit/Edit Sets，点击 New 添加该角度，并命名为D1;
3. 选择菜单栏里的 Modules/Discover/Analysis 打开 Discover Analysis对话框，选择 Dihedral distribution，点击 Define/Add to list，然后选择 Choose sets 的下拉菜单，这时应该出现已经定义过的 D1了吧？但我这里什么都没有。

请懂行的指点一下，谢谢！

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1楼 2012-06-02 10:47:51

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mengsk

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zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-19 18:59:23

引用回帖:

6楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-06-11 15:43:49
楼主能不能分享一下如何定义二面角啊，我用help怎么也没找到怎么定义呢

你可以新建一个 .xsd文件，手动画一个二面角，假如你想做一个 HCCH的二面角，那就画一个HCCH，保持该文件激活状态。然后选Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜单里选中该二面角的文件，Match property选择Element Type，点击New Sets给这个二面角起一个名字，如：DA 。然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。再选Modules/Discover/Analysis/Structual/Dihedral distribution, Define, Add to list, Choose sets选刚才定义过的角度的名称，如：D1，点击Analyze，稍等一会儿就可以了。不过有时候软件没有响应，不知道是什么问题。希望能帮到你！