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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS分析二面角分布

用MS/Discover模块跑完动力学,想要分析二面角的数据,遇到了问题。把我的操作过程写下,请各位高手看看哪里有问题,请多多指教!
1. 按正常步骤跑完MD,总时间100 ps,没10 fs输出一次构型;
2. 选择所需分析的二面角,选择菜单栏里的 Edit/Edit Sets,点击 New 添加该角度,并命名为D1;
3. 选择菜单栏里的 Modules/Discover/Analysis 打开 Discover Analysis对话框,选择 Dihedral distribution,点击 Define/Add to list,然后选择 Choose sets 的下拉菜单,这时应该出现已经定义过的 D1了吧?但我这里什么都没有。

请懂行的指点一下,谢谢!
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奋斗中的小木虫
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Toma

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
刚刚看了楼主的帖子,正好在找怎样计算二面角分布。我按照lz的步骤操作了,但是到“然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件,这时候点击Find Patterns里的Find,就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。”这一步时并没有标出我轨迹文件中所需要的二面角啊? 出现了错误:“No appropriate selections have been made in the Pattern Document." 这是怎么回事呢??
看见的不一定就是真相
9楼2012-06-19 16:42:00
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mengsk

金虫 (著名写手)

没人回复啊,在线等...
奋斗中的小木虫
2楼2012-06-05 09:22:40
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visualization

金虫 (小有名气)


zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-06 18:16:38
是不是应该把所有这一类型的二面角都选中,而不是只选择这一个。。可不可以拿来轨迹看看
3楼2012-06-05 11:32:31
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mimizong

新虫 (小有名气)

选一个如何看分布?纵横坐标分别是什么呢
4楼2012-06-06 16:06:30
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