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mengsk

金虫 (著名写手)

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专业: 催化化学

[求助] MS分析二面角分布

用MS/Discover模块跑完动力学，想要分析二面角的数据，遇到了问题。把我的操作过程写下，请各位高手看看哪里有问题，请多多指教！
1. 按正常步骤跑完MD，总时间100 ps，没10 fs输出一次构型；
2. 选择所需分析的二面角，选择菜单栏里的 Edit/Edit Sets，点击 New 添加该角度，并命名为D1;
3. 选择菜单栏里的 Modules/Discover/Analysis 打开 Discover Analysis对话框，选择 Dihedral distribution，点击 Define/Add to list，然后选择 Choose sets 的下拉菜单，这时应该出现已经定义过的 D1了吧？但我这里什么都没有。

请懂行的指点一下，谢谢！

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Toma

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奋斗中的小木虫

1楼 2012-06-02 10:47:51

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Toma

金虫 (小有名气)

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专业: 摩尼教

送鲜花一朵

刚刚看了楼主的帖子，正好在找怎样计算二面角分布。我按照lz的步骤操作了，但是到“然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。”这一步时并没有标出我轨迹文件中所需要的二面角啊？出现了错误：“No appropriate selections have been made in the Pattern Document." 这是怎么回事呢？？