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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS分析二面角分布
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS分析二面角分布

用MS/Discover模块跑完动力学，想要分析二面角的数据，遇到了问题。把我的操作过程写下，请各位高手看看哪里有问题，请多多指教！
1. 按正常步骤跑完MD，总时间100 ps，没10 fs输出一次构型；
2. 选择所需分析的二面角，选择菜单栏里的 Edit/Edit Sets，点击 New 添加该角度，并命名为D1;
3. 选择菜单栏里的 Modules/Discover/Analysis 打开 Discover Analysis对话框，选择 Dihedral distribution，点击 Define/Add to list，然后选择 Choose sets 的下拉菜单，这时应该出现已经定义过的 D1了吧？但我这里什么都没有。

请懂行的指点一下，谢谢！
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Toma

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奋斗中的小木虫
1楼 2012-06-02 10:47:51
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

mengsk

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-19 18:59:23
引用回帖:
6楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-06-11 15:43:49
楼主能不能分享一下如何定义二面角啊，我用help怎么也没找到怎么定义呢

你可以新建一个 .xsd文件，手动画一个二面角，假如你想做一个 HCCH的二面角，那就画一个HCCH，保持该文件激活状态。然后选Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜单里选中该二面角的文件，Match property选择Element Type，点击New Sets给这个二面角起一个名字，如：DA 。然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。再选Modules/Discover/Analysis/Structual/Dihedral distribution, Define, Add to list, Choose sets选刚才定义过的角度的名称，如：D1，点击Analyze，稍等一会儿就可以了。不过有时候软件没有响应，不知道是什么问题。希望能帮到你！
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青菜001
奋斗中的小木虫
7楼2012-06-12 09:43:26
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普通回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
没人回复啊，在线等...
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奋斗中的小木虫
2楼2012-06-05 09:22:40
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visualization

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-06 18:16:38
是不是应该把所有这一类型的二面角都选中，而不是只选择这一个。。可不可以拿来轨迹看看
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3楼2012-06-05 11:32:31
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mimizong

新虫 (小有名气)
选一个如何看分布？纵横坐标分别是什么呢
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4楼2012-06-06 16:06:30
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973489386

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-07 14:31:06
mengsk: 金币+10, ★★★很有帮助, 恩，你说得对，我看了help，现在已经做出来了，不过有时还是不能做，不知道是不是盗版软件的bug 2012-06-07 17:07:56
这样定义set是不行的，得用edit里的findpattern，然后定义set，看一下help里面是怎么定义set的
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分子模拟
5楼2012-06-07 10:20:29
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青菜001

金虫 (小有名气)
楼主能不能分享一下如何定义二面角啊，我用help怎么也没找到怎么定义呢
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
6楼2012-06-11 15:43:49
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青菜001

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-12 09:43:26
你可以新建一个 .xsd文件，手动画一个二面角，假如你想做一个 HCCH的二面角，那就画一个HCCH，保持该文件激活状态。然后选Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜单里选中该二面角的文件，Match property选 ...

非常感谢，谢谢楼主的帮忙。
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
8楼2012-06-12 10:19:24
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Toma

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
刚刚看了楼主的帖子，正好在找怎样计算二面角分布。我按照lz的步骤操作了，但是到“然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。”这一步时并没有标出我轨迹文件中所需要的二面角啊？ 出现了错误：“No appropriate selections have been made in the Pattern Document." 这是怎么回事呢？？
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看见的不一定就是真相
9楼2012-06-19 16:42:00
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Toma at 2012-06-19 16:42:00
刚刚看了楼主的帖子，正好在找怎样计算二面角分布。我按照lz的步骤操作了，但是到“然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。”这一步 ...

这个我没遇到过，也不清楚，MS经常出现这样那样的错误，同样的方法有时候也不好用。
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奋斗中的小木虫
10楼2012-06-19 20:36:16
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