应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS分析二面角分布
121/2返回列表12下一页
查看: 2257  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS分析二面角分布

用MS/Discover模块跑完动力学，想要分析二面角的数据，遇到了问题。把我的操作过程写下，请各位高手看看哪里有问题，请多多指教！
1. 按正常步骤跑完MD，总时间100 ps，没10 fs输出一次构型；
2. 选择所需分析的二面角，选择菜单栏里的 Edit/Edit Sets，点击 New 添加该角度，并命名为D1;
3. 选择菜单栏里的 Modules/Discover/Analysis 打开 Discover Analysis对话框，选择 Dihedral distribution，点击 Define/Add to list，然后选择 Choose sets 的下拉菜单，这时应该出现已经定义过的 D1了吧？但我这里什么都没有。

请懂行的指点一下，谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Toma

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-06-02 10:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

mengsk

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-19 18:59:23
引用回帖:
6楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-06-11 15:43:49
楼主能不能分享一下如何定义二面角啊，我用help怎么也没找到怎么定义呢

你可以新建一个 .xsd文件，手动画一个二面角，假如你想做一个 HCCH的二面角，那就画一个HCCH，保持该文件激活状态。然后选Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜单里选中该二面角的文件，Match property选择Element Type，点击New Sets给这个二面角起一个名字，如：DA 。然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。再选Modules/Discover/Analysis/Structual/Dihedral distribution, Define, Add to list, Choose sets选刚才定义过的角度的名称，如：D1，点击Analyze，稍等一会儿就可以了。不过有时候软件没有响应，不知道是什么问题。希望能帮到你！
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

青菜001
奋斗中的小木虫
7楼2012-06-12 09:43:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
没人回复啊，在线等...
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
2楼2012-06-05 09:22:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-06 18:16:38
是不是应该把所有这一类型的二面角都选中，而不是只选择这一个。。可不可以拿来轨迹看看
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-05 11:32:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mimizong

新虫 (小有名气)
选一个如何看分布？纵横坐标分别是什么呢
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-06 16:06:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

973489386

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-07 14:31:06
mengsk: 金币+10, ★★★很有帮助, 恩，你说得对，我看了help，现在已经做出来了，不过有时还是不能做，不知道是不是盗版软件的bug 2012-06-07 17:07:56
这样定义set是不行的，得用edit里的findpattern，然后定义set，看一下help里面是怎么定义set的
赞一下 回复此楼
分子模拟
5楼2012-06-07 10:20:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青菜001

金虫 (小有名气)
楼主能不能分享一下如何定义二面角啊，我用help怎么也没找到怎么定义呢
赞一下 回复此楼
有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
6楼2012-06-11 15:43:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青菜001

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-12 09:43:26
你可以新建一个 .xsd文件，手动画一个二面角，假如你想做一个 HCCH的二面角，那就画一个HCCH，保持该文件激活状态。然后选Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜单里选中该二面角的文件，Match property选 ...

非常感谢，谢谢楼主的帮忙。
赞一下 回复此楼
有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
8楼2012-06-12 10:19:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Toma

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
刚刚看了楼主的帖子，正好在找怎样计算二面角分布。我按照lz的步骤操作了，但是到“然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。”这一步时并没有标出我轨迹文件中所需要的二面角啊？ 出现了错误：“No appropriate selections have been made in the Pattern Document." 这是怎么回事呢？？
赞一下 回复此楼
看见的不一定就是真相
9楼2012-06-19 16:42:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Toma at 2012-06-19 16:42:00
刚刚看了楼主的帖子，正好在找怎样计算二面角分布。我按照lz的步骤操作了，但是到“然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。”这一步 ...

这个我没遇到过，也不清楚，MS经常出现这样那样的错误，同样的方法有时候也不好用。
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
10楼2012-06-19 20:36:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengsk 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +8 柴郡猫_ 2026-03-12 8/400 2026-03-17 09:44 by peike
[考研] 293求调剂 +4 世界首富 2026-03-11 4/200 2026-03-17 09:23 by 雾散后相遇lc
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 化学工程321分求调剂 +10 大米饭！ 2026-03-15 13/650 2026-03-17 06:57 by laoshidan
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +3 番茄头--- 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考博] 读博申请 +5 感dd 2026-03-10 7/350 2026-03-11 17:02 by QGZDSYS
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭