| 查看: 2691 | 回复: 11 | |||
[求助]
MS分析二面角分布
|
|||
|
用MS/Discover模块跑完动力学，想要分析二面角的数据，遇到了问题。把我的操作过程写下，请各位高手看看哪里有问题，请多多指教！ 1. 按正常步骤跑完MD，总时间100 ps，没10 fs输出一次构型； 2. 选择所需分析的二面角，选择菜单栏里的 Edit/Edit Sets，点击 New 添加该角度，并命名为D1; 3. 选择菜单栏里的 Modules/Discover/Analysis 打开 Discover Analysis对话框，选择 Dihedral distribution，点击 Define/Add to list，然后选择 Choose sets 的下拉菜单，这时应该出现已经定义过的 D1了吧？但我这里什么都没有。 请懂行的指点一下，谢谢！  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 TOMA'S INDEX |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
Toma» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？
已经有20人回复
-
今天务委会开完了，明天出结果吗
已经有22人回复
-
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有9人回复
-
明天应该可查了！？
已经有6人回复
-
有没有大神帮我看看基金代码
已经有10人回复
-
放榜前的不淡定
已经有19人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 高分子聚合物的ms分析
已经有4人回复
- 为什么我两次二面角扫描的结果不同？
已经有6人回复
- 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
已经有15人回复
- 国内有关ＩＣＰ－ＭＳ方面的研究动态。。。。。
已经有13人回复
- 求助energy 与二面角的关系曲线如何做
已经有4人回复
- 【求助】在MS中，如何把一个体系中所有的键长都测量出来。
已经有4人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【求助】单晶二面角的问题
已经有6人回复
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-19 18:59:23
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-19 18:59:23
|
你可以新建一个 .xsd文件，手动画一个二面角，假如你想做一个 HCCH的二面角，那就画一个HCCH，保持该文件激活状态。然后选Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜单里选中该二面角的文件，Match property选择Element Type，点击New Sets给这个二面角起一个名字，如：DA 。然后打开你要分析的通常是.xtd轨迹文件，这时候点击Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定义的二面角了。再选Modules/Discover/Analysis/Structual/Dihedral distribution, Define, Add to list, Choose sets选刚才定义过的角度的名称，如：D1，点击Analyze，稍等一会儿就可以了。不过有时候软件没有响应，不知道是什么问题。希望能帮到你！ |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
7楼2012-06-12 09:43:26
2楼2012-06-05 09:22:40
visualization
金虫 (小有名气)
- 应助: 23 (小学生)
- 金币: 3114.4
- 散金: 678
- 帖子: 196
- 在线: 352.8小时
- 虫号: 494396
- 注册: 2008-01-13
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-06-05 11:32:31
4楼2012-06-06 16:06:30
973489386
银虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 4752.7
- 散金: 26
- 红花: 1
- 帖子: 196
- 在线: 277.1小时
- 虫号: 1522379
- 注册: 2011-12-03
- 性别: GG
- 专业: 功能陶瓷
5楼2012-06-07 10:20:29
青菜001
金虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 675.8
- 散金: 16
- 帖子: 136
- 在线: 96.2小时
- 虫号: 1127237
- 注册: 2010-10-20
- 专业: 金属材料表面科学与工程
6楼2012-06-11 15:43:49
青菜001
金虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 675.8
- 散金: 16
- 帖子: 136
- 在线: 96.2小时
- 虫号: 1127237
- 注册: 2010-10-20
- 专业: 金属材料表面科学与工程
8楼2012-06-12 10:19:24
9楼2012-06-19 16:42:00
10楼2012-06-19 20:36:16
28