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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DGGE做了两次，图片相差很大，还有空白对照也有条带。
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xiaoyujun123

铜虫 (初入文坛)

[求助] DGGE做了两次，图片相差很大，还有空白对照也有条带。

图片1和图片2是相同的样品，属于土壤DNA，只是每次跑DGGE都是重新跑的PCR。结果两次相差这么大呢。高手能不能指点一下。究竟是什么原因造成这样的。两张图片颜色很黄，背景颜色相差不是很大，染色的时候怎么去改正。或者注意哪些方面。

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1楼2012-05-30 13:47:36
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侯云hy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by elbo at 2012-06-10 13:04:32
如果你PCR产物浓度很高的话，纯化也丢失不了多少，小片段的PCR产物回收率还是很高的。肯定都在80%以上。如果PCR产物检测的时候，条带没有M亮，那么就是不纯化跑出来DGGE也不好。根本问题还是要DNA模版要纯，浓度高 ...

您能否帮我看下，在我胶的上半部分，有条带，但是条带上下有弥散现象，我将条带和弥散的部分都割胶回收测序，发现这些都是同一条序列。是不是我的DGGE的电压有问题还是其他的问题啊？电压80v 12.5h，上样量20ul 谢谢啊？
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15楼2012-06-10 21:24:23
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-06 18:39:55
首先从跑胶的结果来看，PCR产物可能不够好。每个泳道上部都有很深的背景色。
其次，配置的DGGE凝胶每次可能会有所不同，另外电泳条件的改变特别是电泳时间的变化对电泳结果也会有一定的影响。
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3楼2012-06-01 10:30:48
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树上的鱼X

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜: 金币+2, Good！ 2012-06-06 18:40:02
你的是用的银染方法吧 第二张图条带感觉还可以 第一张图片颜色背景色偏深偏黄 应该是染色时间偏长造成的
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4楼2012-06-06 15:18:10
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侯云hy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-06-01 10:30:48
首先从跑胶的结果来看，PCR产物可能不够好。每个泳道上部都有很深的背景色。
其次，配置的DGGE凝胶每次可能会有所不同，另外电泳条件的改变特别是电泳时间的变化对电泳结果也会有一定的影响。

你好，我也遇到相同的困难，如果说泳道颜色比较深是因为PCR不好，那该怎样优化啊？我已经做了巢式和降落了，但是还是颜色深。求指教啊。
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5楼2012-06-07 18:18:21
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