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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 用amber运行两个zn离子蛋白动力学问题
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929272582

铁虫 (初入文坛)

[求助] 用amber运行两个zn离子蛋白动力学问题

1.我用amber中的zinc.lib、leaprc.zn、hin.lib文件（含有一个zn离子蛋白）来做含有两个zn离子的蛋白可以吗？是否还要为两个zn离子的蛋白重新生成自己的znb.lib和leaprc.zinc文件？

2.对蛋白进行限制性（限制蛋白，优化水分子）最小化处理时，最小化过程总是在一半进程时就停止了，这是什么原因造成的？而全局最小化（蛋白、水分子一起优化）时没有此现象.

希望得到高手指点。谢谢

[ Last edited by 929272582 on 2012-5-30 at 21:28 ]
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1楼 2012-05-30 11:10:57
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liuwei4410

金虫 (正式写手)
不太懂啊 帮你顶下
赞一下 回复此楼
一切都是浮云，开心最重要！
2楼2012-06-01 09:32:14
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