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用amber运行两个zn离子蛋白动力学问题
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1.我用amber中的zinc.lib、leaprc.zn、hin.lib文件（含有一个zn离子蛋白）来做含有两个zn离子的蛋白可以吗？是否还要为两个zn离子的蛋白重新生成自己的znb.lib和leaprc.zinc文件？ 2.对蛋白进行限制性（限制蛋白，优化水分子）最小化处理时，最小化过程总是在一半进程时就停止了，这是什么原因造成的？而全局最小化（蛋白、水分子一起优化）时没有此现象. 希望得到高手指点。谢谢 [ Last edited by 929272582 on 2012-5-30 at 21:28 ] |
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liuwei4410
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2楼2012-06-01 09:32:14