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929272582

铁虫 (初入文坛)

[求助] 用amber运行两个zn离子蛋白动力学问题

1.我用amber中的zinc.lib、leaprc.zn、hin.lib文件(含有一个zn离子蛋白)来做含有两个zn离子的蛋白可以吗?是否还要为两个zn离子的蛋白重新生成自己的znb.lib和leaprc.zinc文件?

2.对蛋白进行限制性(限制蛋白,优化水分子)最小化处理时,最小化过程总是在一半进程时就停止了,这是什么原因造成的?而全局最小化(蛋白、水分子一起优化)时没有此现象.

希望得到高手指点。谢谢

[ Last edited by 929272582 on 2012-5-30 at 21:28 ]
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liuwei4410

金虫 (正式写手)

不太懂啊 帮你顶下
一切都是浮云,开心最重要!
2楼2012-06-01 09:32:14
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