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shenlin0514

木虫 (正式写手)

无名小虫

[求助] 溶剂化出现Solvation size too large??

使用DS2.5进行MD前进行solvation,但出现Solvation size too large,请问各位高手为什么哩?

[ 来自科研家族 生物医药家族 ]
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shenlin0514

木虫 (正式写手)

无名小虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by 郝明 at 2012-06-07 15:25:01
你的溶质分子太大啊 可以考虑到Sybyl中优化
同样能达到稳定状态 得到稳定构象

请问有没有sybyl的教程啊?我这边只有软件,还没用过,谢谢啦
Never say never
3楼2012-06-08 09:06:20
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查看全部 4 个回答

郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-08 10:10:47
你的溶质分子太大啊 可以考虑到Sybyl中优化
同样能达到稳定状态 得到稳定构象
2楼2012-06-07 15:25:01
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郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-11 13:57:06
shenlin0514: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-11 14:48:42
教程没有 你可以先以MOL2格式读入 点compute -dynamic-set up dynamic
进来之后点右上角motify 设置步数和步长 再点中间的motify 设置立场 和box 还有电荷 命名后开始就行了 点ok
4楼2012-06-11 08:45:23
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