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本人使用Schrödinger的prime模块中GBSA进行能量分析,求达人分析结果
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分子动力学进行完毕后,本想在AMBER中进行mm/PBSA计算,但是时间较紧迫,故使用了Schrödinger中的GBSA,其中一个分析结果如下(任意一帧结果,共1000帧)但是初次使用,结果并不会分析,求解答,最好能解释各个能量之间换算的关系,以及对复合物的影响,谢谢! r_psp_Prime_Energy_Difference -42.13 r_psp_Prime_Coulomb -4570.599034 r_psp_Prime_Covalent 19031.46449 r_psp_Prime_vdW -211.032112 r_psp_Prime_Solv_SA 10.183243 r_psp_Prime_Solv_GB -987.965044 r_psp_Prime_Energy 13272.05154 r_psp_Prime_MMGBSA_Complex_Energy 13272.05154 r_psp_Prime_MMGBSA_Ligand_Energy -37.86542343 r_psp_Prime_MMGBSA_Receptor_Energy 13335.94318 r_psp_Prime_MMGBSA_DG_bind -26.0262129 r_psp_Prime_MMGBSA_DG_bind_Coulomb -7.305446 r_psp_Prime_MMGBSA_DG_bind_Covalent 3.097083 r_psp_Prime_MMGBSA_DG_bind_vdW -44.130689 r_psp_Prime_MMGBSA_DG_bind_Solv_SA 2.568801 r_psp_Prime_MMGBSA_DG_bind_Solv_GB 19.744038 |
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