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ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] IRC 结果分析

TS寻找过渡态，完了以后用IRC扫描势能面，顺利收敛，，在分析结果的时候却意外的发现，irc的势能面扫描过程中，开始点和结束点的几何构型几乎一样，反应产物，感觉只是键在来回震荡。

好吧，问题出来了
1、这样的结果说明什么？ 如果这是一个正常的结果，是不是意味着我的反应不能发生

2、如果不是正常的结果，，改如何避免这样的情况呢？
拜请各位大神不吝赐教。

本人计算的是一个是H原子的迁移过程，涉及自由基。
IRC输入文件如下：
%chk=h3tsirc2.chk
%nprocshared=4
%mem=4GB
# b3lyp/6-31g scfcyc=300 irc=(calcfc,maxpoints=20)

TS-Ph-H-OC-Ph

0 2

第一张，irc扫描完以后的结果

irc扫描完以后的结果
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业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
1楼 2012-05-18 14:59:37
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necturnal

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-05-19 08:59:34
ellemiu: 金币+4, ★★★很有帮助, 分子体系是比较小，我先按照你给的建议来试试。对于IOP的设定，我一直弄的不是很懂，能否做一下解释？ 2012-05-21 10:21:57
ellemiu: 金币+4, ★★★很有帮助, 楼主很热心，追加金币 2012-05-22 14:46:41
ellemiu: 金币+5, ★★★很有帮助, 很热心的网友。 2012-05-26 10:21:29
按照你的说法，这个IRC应该不是一个正确的IRC，不过这不代表你的TS就不对。我觉得可以尝试 去掉scfcyc=300，因为从能量上看，你的分子不是很大，小分子迭代次数过多，容易结构不合理，也就是可能跑偏了，改用iop（5/13=1）。还有就是可以尝试减小步长（stepsize=10是default）。
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5楼2012-05-19 06:55:35
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-21 10:22:21:
分子体系是比较小，我先按照你给的建议来试试。对于IOP的设定，我一直弄的不是很懂，能否做一下解释？

其实还有一个问题，，什么样的情况下才知道我的TS是不是合理的呢

iop（5/13=1）的意思忽略不收敛的failure，继续算下去。
高斯官网有个IOp reference，
http://www.gaussian.com/g_tech/g_iops/iops_toc.htm
大部分IOp的意思可以在里面查到，但是还是不全。Sobereva大神有几个帖子专门介绍IOp的，感兴趣的可以搜一下看看。
一般情况下，判断TS是否合理，可以看虚频，如果虚频的指向是你所需要的成键和断键的方向，一般情况可以初步判断合理，但是还是需要通过IRC才算是比较准确了。
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9楼2012-05-22 08:35:41
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-22 08:46:16:
昨天去掉了scfcyc=300，结果出现了9999的错误。看样子还是这个不能少。

我找找IOp的帖子，谢谢

那你去掉scfcyc=300的同时加了iop（5/13=1）吗？
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11楼2012-05-22 11:34:20
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
14楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-23 15:35:09:
加了这个仍然出现link 9999的错误，估计还是迭代的次数不够，

从现在的情况来看，，reverse和forward走的还是同一个方向。即使收率，得到也不会是我想要的结果。

你分别用了reverse和forward的关键字了？
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15楼2012-05-24 03:42:15
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-22 14:45:49:
步长我都设到了3，，maxpoint=100

你不用把maxpoint设置那么多，20个点就足够了。这样就算是出错，也不用浪费太多的时间。stepsize这个到底设置多长，很难说，可以多试试。
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16楼2012-05-24 03:45:11
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
18楼: Originally posted by dxjdmy at 2012-05-24 09:50:59:
你将走过IRC的结构拿出来继续优化，看看结果怎么样，如果反应物和产物的结构还是一样，那就说明你的过渡态有问题了

不能一概而论。有时候高斯IRC走的时候会出现错误，提取IRC两端结构优化，得到一致的结构，不一定就是TS有问题，很可能是这个做出的IRC本身就有问题。
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20楼2012-05-24 13:02:02
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
21楼: Originally posted by dxjdmy at 2012-05-24 14:50:21:
是的，将IRC完了的最后的点，继续优化，看看有什么结果，如果走到反应物与产物了，过渡态就是正确的，如果走不到，过渡态就不正确。

正常结束，如果你指的是高斯的output正常结束的话。这种情况，我和组里面的人还有老板都有遇到过，一般情况下还是IRC的问题，不是过渡态的问题。
当然，组里算的很多过渡态都是在势能面非常平坦的位置，所以IRC非常难做。像LZ提到的虚频这么大的过渡态， IRC两端走向一致的例子，我倒是记忆不多。
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24楼2012-05-25 07:52:23
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
23楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-25 00:34:15:
前几天IRC完了，，却出现下面的提示
This type of calculation cannot be archived.


MEMORIES ARE LIKE AN ENGLISH GRAMMER LESSON -
PRESENT TENSE, AND PAST PERFECT.
Job cpu time:  0 days 11 ho

现在看起来，这个情况比较复杂。按理说你的这个过渡态的虚频这么大，IRC应该很容易就找到正确的force方向。
如果你不介意的话，可以把你优化好的过渡态的结构贴出来或者站短我，我看你这个基组不是很大，我可以给你在我这边的资源上算一下，看看到底是什么问题。
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25楼2012-05-25 08:04:10
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
我提取了你提供的结构，然后优化了一下，做出了IRC，正常结束。可以很清楚地从我上传的图片上看到H自由基的转移过程。这个IRC还是比较标准的。
你的问题是，你给我的过渡态结构，没有完全converged，距离稳定的过渡态结构，还是有微小的结构差别的。我提取了你给我的结构，在你的所用的基组和方法下，走了7步之后，才完全converged了。这可能是就是你为什么做IRC，总走到一个同一个结构的原因，因为你提供的结构没有收敛，所用IRC在找force的方向的时候，总会偏向于你的过渡态所在的势能面鞍点的方向。
下边是我的input的route section还有优化好的结构,for you refence
#B3LYP/6-31G  irc(maxpoints=14,calcfc)

CHECK

0 2
C                 -2.63111700   -0.70748700    0.56895500
C                 -2.97700400    0.42177700   -0.19740600
C                 -4.18867800    0.45474300   -0.92437400
C                 -5.04835900   -0.63912900   -0.87442100
C                 -4.70445400   -1.76609100   -0.10952400
C                 -3.50058500   -1.80090500    0.60443000
H                 -1.68296300   -0.73042600    1.09608400
H                 -4.43441600    1.33479400   -1.50904000
H                 -5.98215900   -0.62085900   -1.42632500
H                 -5.37748500   -2.61700800   -0.07481100
H                 -3.23705600   -2.67754400    1.18566100
C                 -2.07578400    1.57485900   -0.23763000
O                 -2.15712500    2.58760900   -0.91821100
H                 -1.06959100    1.50288200    0.65255700
C                  4.94303000    0.75826500   -0.43868100
C                  3.63962900    0.92450800    0.03522000
C                  2.78501900   -0.18898700    0.12927900
C                  3.24515100   -1.46246100   -0.25093100
C                  4.54860200   -1.62076400   -0.72284200
C                  5.39878500   -0.51083000   -0.81800400
H                  5.60270300    1.61654500   -0.51072800
H                  3.28158800    1.90214900    0.33244300
H                  2.57117500   -2.30744100   -0.16795600
H                  4.90192000   -2.60395800   -1.01529700
H                  6.41266300   -0.63478500   -1.18519600
C                  1.39365900   -0.08144600    0.62397600
O                  0.61239400   -1.02219600    0.78588700
O                  1.05326900    1.25529300    0.86960100
O                 -0.25275500    1.39171200    1.54951400
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28楼2012-05-25 15:07:56
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
30楼: Originally posted by ellemiu at 2012-06-01 09:17:22
你说的这个问题，我已经找到原因了，是因为TS和IRC用的基组不一样造成的，我在ts的是时候用的是6-31g(d,p)，irc的时候在，只是6-31g。所以会造成ts的结果不同。

后来我用6-31g对6-31g(d,p)方法的TS结果再ts了一 ...

IRC和TS基组不一样……这种错误我都不知道该怎么评价了。
我在上边回复已经贴了我的写的input的route section和分子结构，我用的是8个proc的，机器也算不特别先进，大概走了一个小时就完全走完了。结果我也做图贴出来了。你说的走了两天还没有收敛，这个我不太懂，是IRC一个点也没走呢就没法converged了呢，还是走了几步又没法converged了呢
总之，这个IRC还是标准好做的，你多check一下自己问题，应该还是很容易完成的。
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31楼2012-06-02 05:33:31
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