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dxjdmy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ellemiu: 金币+2, ★有帮助, 我是走完了，不过也有新的问题。 2012-05-25 00:31:02
引用回帖:
18楼: Originally posted by dxjdmy at 2012-05-24 09:50:59:
你将走过IRC的结构拿出来继续优化，看看结果怎么样，如果反应物和产物的结构还是一样，那就说明你的过渡态有问题了

是的，将IRC完了的最后的点，继续优化，看看有什么结果，如果走到反应物与产物了，过渡态就是正确的，如果走不到，过渡态就不正确。
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21楼2012-05-24 14:50:21
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dxjdmy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by necturnal at 2012-05-24 13:02:02:
不能一概而论。有时候高斯IRC走的时候会出现错误，提取IRC两端结构优化，得到一致的结构，不一定就是TS有问题，很可能是这个做出的IRC本身就有问题。

前提是IRC必须正常结束。
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22楼2012-05-24 20:17:47
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ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by dxjdmy at 2012-05-24 14:50:21:
是的，将IRC完了的最后的点，继续优化，看看有什么结果，如果走到反应物与产物了，过渡态就是正确的，如果走不到，过渡态就不正确。

前几天IRC完了，，却出现下面的提示
This type of calculation cannot be archived.


MEMORIES ARE LIKE AN ENGLISH GRAMMER LESSON -
PRESENT TENSE, AND PAST PERFECT.
Job cpu time:  0 days 11 hours 22 minutes 23.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    222 Int=      0 D2E=      0 Chk=     21 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 03 at Tue May 22 11:50:59 2012.

我采用的方法是下面的这个
# b3lyp/6-31g scfcyc=300 irc=(calcfc,maxpoints=50,reverse)

necturnal给的建议，现在还没算完，不过总是在第13步死掉，提示l9999错误，加了iop(5/13=1)仍然有。
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业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
23楼2012-05-25 00:34:15
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
21楼: Originally posted by dxjdmy at 2012-05-24 14:50:21:
是的，将IRC完了的最后的点，继续优化，看看有什么结果，如果走到反应物与产物了，过渡态就是正确的，如果走不到，过渡态就不正确。

正常结束，如果你指的是高斯的output正常结束的话。这种情况，我和组里面的人还有老板都有遇到过，一般情况下还是IRC的问题，不是过渡态的问题。
当然，组里算的很多过渡态都是在势能面非常平坦的位置，所以IRC非常难做。像LZ提到的虚频这么大的过渡态， IRC两端走向一致的例子，我倒是记忆不多。
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24楼2012-05-25 07:52:23
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
23楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-25 00:34:15:
前几天IRC完了，，却出现下面的提示
This type of calculation cannot be archived.


MEMORIES ARE LIKE AN ENGLISH GRAMMER LESSON -
PRESENT TENSE, AND PAST PERFECT.
Job cpu time:  0 days 11 ho

现在看起来，这个情况比较复杂。按理说你的这个过渡态的虚频这么大，IRC应该很容易就找到正确的force方向。
如果你不介意的话，可以把你优化好的过渡态的结构贴出来或者站短我，我看你这个基组不是很大，我可以给你在我这边的资源上算一下，看看到底是什么问题。
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25楼2012-05-25 08:04:10
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ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by necturnal at 2012-05-25 08:04:10:
现在看起来，这个情况比较复杂。按理说你的这个过渡态的虚频这么大，IRC应该很容易就找到正确的force方向。
如果你不介意的话，可以把你优化好的过渡态的结构贴出来或者站短我，我看你这个基组不是很大，我可以给

昨天的结果算完了
# b3lyp/6-31g scfcyc=500 iop(5/13=1) irc=(calcfc,maxpoints=100,reverse  ,stepsize=2)

最后也是出现同样的提示
This type of calculation cannot be archived.


YOU KNOW YOU'RE A TEACHER WHEN YOU SAY 2, WRITE 3, AND MEAN 4.
-- RONALD ANSTROM, HIGH SCHOOL TEACHER, UNDERWOOD, N.D. 1974
Job cpu time:  1 days  2 hours 26 minutes 21.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    222 Int=      0 D2E=      0 Chk=     21 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 03 at Thu May 24 16:41:53 2012.
等下我把TS的结构贴在下面
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业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
26楼2012-05-25 09:15:27
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ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
%chk=h3tsirc2.chk
%nprocshared=4
%mem=4GB
# b3lyp/6-31g scfcyc=300 irc=(calcfc,maxpoints=20) iop(5/13=1)

TS-PhOOO-H-OC-Ph

0 2
C              
C                  1            B1
C                  2            B2    1            A1
C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
C                  1            B5    2            A4    3            D3    0
H                  1            B6    6            A5    5            D4    0
H                  3            B7    2            A6    1            D5    0
H                  4            B8    3            A7    2            D6    0
H                  5            B9    4            A8    3            D7    0
H                  6           B10    1            A9    2            D8    0
C                  2           B11    1           A10    6            D9    0
O                 12           B12    2           A11    1           D10    0
H                 12           B13    2           A12    1           D11    0
C                 12           B14    2           A13    1           D12    0
C                 15           B15   12           A14    2           D13    0
C                 16           B16   15           A15   12           D14    0
C                 17           B17   16           A16   15           D15    0
C                 18           B18   17           A17   16           D16    0
C                 15           B19   12           A18    2           D17    0
H                 15           B20   12           A19    2           D18    0
H                 16           B21   15           A20   12           D19    0
H                 18           B22   17           A21   16           D20    0
H                 19           B23   18           A22   17           D21    0
H                 20           B24   15           A23   12           D22    0
C                 17           B25   16           A24   15           D23    0
O                 26           B26   17           A25   16           D24    0
O                 26           B27   17           A26   16           D25    0
O                 28           B28   26           A27   17           D26    0

   B1             1.40248139
   B2             1.40713742
   B3             1.38886569
   B4             1.40068288
   B5             1.39408101
   B6             1.08550242
   B7             1.08508778
   B8             1.08573132
   B9             1.08625634
   B10            1.08532167
   B11            1.47413846
   B12            1.20211493
   B13            1.27182204
   B14            6.93119797
   B15            1.39328791
   B16            1.40317644
   B17            1.40214419
   B18            1.39168817
   B19            1.39664637
   B20            1.08569148
   B21            1.08351812
   B22            1.08448852
   B23            1.08572741
   B24            1.08614597
   B25            1.48831514
   B26            1.20907486
   B27            1.37983752
   B28            1.40140820
   A1           120.84943922
   A2           119.39420830
   A3           119.88994249
   A4           119.17402935
   A5           121.24181798
   A6           119.21372297
   A7           120.03664471
   A8           119.60455464
   A9           119.78359955
   A10          119.56041105
   A11          127.62224470
   A12          113.30495416
   A13          124.16221422
   A14           19.37602150
   A15          119.73205596
   A16          119.90733064
   A17          120.06475911
   A18          115.54246673
   A19          120.76261940
   A20          120.37715344
   A21          118.60469132
   A22          119.90305320
   A23          119.91500428
   A24          122.84266156
   A25          125.52797146
   A26          110.48184705
   A27          112.78672513
   D1             0.32148514
   D2            -0.29782655
   D3             0.00359667
   D4          -178.60865205
   D5          -179.91132619
   D6           179.76067412
   D7          -179.90730427
   D8           179.55053910
   D9           179.84334744
   D10          173.98818884
   D11           -8.40186142
   D12           41.65658969
   D13          -89.94041521
   D14           81.25330919
   D15            0.07592745
   D16           -0.06612855
   D17           18.83956755
   D18          177.40618261
   D19          -98.76043187
   D20          179.90387643
   D21          179.99714499
   D22          158.69913609
   D23          179.96091803
   D24         -178.34508059
   D25            2.52988933
   D26         -174.30365111


这个是算好的TS的分子信息，我也是被弄的有点焦头烂额，找不到问题所在。necturnal有兴趣可以算下。一起学习。
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27楼2012-05-25 09:20:20
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necturnal

铜虫 (初入文坛)
我提取了你提供的结构，然后优化了一下，做出了IRC，正常结束。可以很清楚地从我上传的图片上看到H自由基的转移过程。这个IRC还是比较标准的。
你的问题是，你给我的过渡态结构，没有完全converged，距离稳定的过渡态结构，还是有微小的结构差别的。我提取了你给我的结构，在你的所用的基组和方法下，走了7步之后，才完全converged了。这可能是就是你为什么做IRC，总走到一个同一个结构的原因，因为你提供的结构没有收敛，所用IRC在找force的方向的时候，总会偏向于你的过渡态所在的势能面鞍点的方向。
下边是我的input的route section还有优化好的结构,for you refence
#B3LYP/6-31G  irc(maxpoints=14,calcfc)

CHECK

0 2
C                 -2.63111700   -0.70748700    0.56895500
C                 -2.97700400    0.42177700   -0.19740600
C                 -4.18867800    0.45474300   -0.92437400
C                 -5.04835900   -0.63912900   -0.87442100
C                 -4.70445400   -1.76609100   -0.10952400
C                 -3.50058500   -1.80090500    0.60443000
H                 -1.68296300   -0.73042600    1.09608400
H                 -4.43441600    1.33479400   -1.50904000
H                 -5.98215900   -0.62085900   -1.42632500
H                 -5.37748500   -2.61700800   -0.07481100
H                 -3.23705600   -2.67754400    1.18566100
C                 -2.07578400    1.57485900   -0.23763000
O                 -2.15712500    2.58760900   -0.91821100
H                 -1.06959100    1.50288200    0.65255700
C                  4.94303000    0.75826500   -0.43868100
C                  3.63962900    0.92450800    0.03522000
C                  2.78501900   -0.18898700    0.12927900
C                  3.24515100   -1.46246100   -0.25093100
C                  4.54860200   -1.62076400   -0.72284200
C                  5.39878500   -0.51083000   -0.81800400
H                  5.60270300    1.61654500   -0.51072800
H                  3.28158800    1.90214900    0.33244300
H                  2.57117500   -2.30744100   -0.16795600
H                  4.90192000   -2.60395800   -1.01529700
H                  6.41266300   -0.63478500   -1.18519600
C                  1.39365900   -0.08144600    0.62397600
O                  0.61239400   -1.02219600    0.78588700
O                  1.05326900    1.25529300    0.86960100
O                 -0.25275500    1.39171200    1.54951400
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28楼2012-05-25 15:07:56
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ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by necturnal at 2012-05-25 15:07:56
我提取了你提供的结构，然后优化了一下，做出了IRC，正常结束。可以很清楚地从我上传的图片上看到H自由基的转移过程。这个IRC还是比较标准的。
你的问题是，你给我的过渡态结构，没有完全converged，距离稳定的过渡 ...

十分感谢necturnal的热心回复。

我给你的过渡态是在我这里计算后收敛的结果，，不知为啥在你那边看没有converged，感觉很奇怪。刚仔细检查了下之前TS的结果，收敛的时候没有出现异常。

我把导出的结果再算一次看看。

TS的结果
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29楼2012-05-26 10:15:14
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ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by necturnal at 2012-05-25 15:07:56
我提取了你提供的结构，然后优化了一下，做出了IRC，正常结束。可以很清楚地从我上传的图片上看到H自由基的转移过程。这个IRC还是比较标准的。
你的问题是，你给我的过渡态结构，没有完全converged，距离稳定的过渡 ...

你说的这个问题，我已经找到原因了，是因为TS和IRC用的基组不一样造成的，我在ts的是时候用的是6-31g(d,p)，irc的时候在，只是6-31g。所以会造成ts的结果不同。

后来我用6-31g对6-31g(d,p)方法的TS结果再ts了一次，发现大概走了8步才收敛。将得到的结果另存为输入文件后，再走irc，走了两天却还没有收敛，很奇怪
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业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
30楼2012-06-01 09:17:22
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