应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » IRC 结果分析
311/4返回列表1234下一页
查看: 1981  |  回复: 30
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] IRC 结果分析

TS寻找过渡态，完了以后用IRC扫描势能面，顺利收敛，，在分析结果的时候却意外的发现，irc的势能面扫描过程中，开始点和结束点的几何构型几乎一样，反应产物，感觉只是键在来回震荡。

好吧，问题出来了
1、这样的结果说明什么？ 如果这是一个正常的结果，是不是意味着我的反应不能发生

2、如果不是正常的结果，，改如何避免这样的情况呢？
拜请各位大神不吝赐教。

本人计算的是一个是H原子的迁移过程，涉及自由基。
IRC输入文件如下：
%chk=h3tsirc2.chk
%nprocshared=4
%mem=4GB
# b3lyp/6-31g scfcyc=300 irc=(calcfc,maxpoints=20)

TS-Ph-H-OC-Ph

0 2

第一张，irc扫描完以后的结果

irc扫描完以后的结果
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

过渡态

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
1楼 2012-05-18 14:59:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-22 08:46:16:
昨天去掉了scfcyc=300，结果出现了9999的错误。看样子还是这个不能少。

我找找IOp的帖子，谢谢

那你去掉scfcyc=300的同时加了iop（5/13=1）吗？
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2012-05-22 11:34:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

meteoric30

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ellemiu: 金币+2, ★有帮助, irc直接拿的TS的结果来继续的，不太明白irc的产物是指什么，你指的是最后一步的状态进行优化吗》？步长设大一点怎样设呢？ 2012-05-18 16:19:23
步长设大一点，irc的产物优化了吗？优化的结果看看是不是和ts一样
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-18 15:35:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by meteoric30 at 2012-05-18 15:35:18:
步长设大一点，irc的产物优化了吗？优化的结果看看是不是和ts一样

irc直接拿的TS的结果来继续的，不太明白irc的产物是指什么，你指的是最后一步的状态进行优化吗？

还有步长设大一点怎样设呢？
赞一下 回复此楼
业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
3楼2012-05-18 16:20:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ldzh0531

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
ellemiu: 金币+1, ★有帮助, 我算出的虚频为-1415，其实我只是想扫势能面看看TS是不是正确的 2012-05-21 10:14:58
IRC只是根据频率计算单点，并不优化。想要得到准确构型要提取出终端点优化。另外，通常氢转移的虚频要大于1000
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-18 17:58:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

necturnal

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-05-19 08:59:34
ellemiu: 金币+4, ★★★很有帮助, 分子体系是比较小，我先按照你给的建议来试试。对于IOP的设定，我一直弄的不是很懂，能否做一下解释？ 2012-05-21 10:21:57
ellemiu: 金币+4, ★★★很有帮助, 楼主很热心，追加金币 2012-05-22 14:46:41
ellemiu: 金币+5, ★★★很有帮助, 很热心的网友。 2012-05-26 10:21:29
按照你的说法，这个IRC应该不是一个正确的IRC，不过这不代表你的TS就不对。我觉得可以尝试 去掉scfcyc=300，因为从能量上看，你的分子不是很大，小分子迭代次数过多，容易结构不合理，也就是可能跑偏了，改用iop（5/13=1）。还有就是可以尝试减小步长（stepsize=10是default）。
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-19 06:55:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-05-18 17:58:22:
IRC只是根据频率计算单点，并不优化。想要得到准确构型要提取出终端点优化。另外，通常氢转移的虚频要大于1000

我算出的虚频为-1415，其实我只是想扫势能面看看TS是不是正确的
赞一下 回复此楼
业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
6楼2012-05-21 10:15:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Single_love
7楼2012-05-21 10:22:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by necturnal at 2012-05-19 06:55:35:
按照你的说法，这个IRC应该不是一个正确的IRC，不过这不代表你的TS就不对。我觉得可以尝试 去掉scfcyc=300，因为从能量上看，你的分子不是很大，小分子迭代次数过多，容易结构不合理，也就是可能跑偏了，改用iop（ ...

分子体系是比较小，我先按照你给的建议来试试。对于IOP的设定，我一直弄的不是很懂，能否做一下解释？

其实还有一个问题，，什么样的情况下才知道我的TS是不是合理的呢
赞一下 回复此楼
业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
8楼2012-05-21 10:22:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

necturnal

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ellemiu at 2012-05-21 10:22:21:
分子体系是比较小，我先按照你给的建议来试试。对于IOP的设定，我一直弄的不是很懂，能否做一下解释？

其实还有一个问题，，什么样的情况下才知道我的TS是不是合理的呢

iop（5/13=1）的意思忽略不收敛的failure，继续算下去。
高斯官网有个IOp reference，
http://www.gaussian.com/g_tech/g_iops/iops_toc.htm
大部分IOp的意思可以在里面查到，但是还是不全。Sobereva大神有几个帖子专门介绍IOp的，感兴趣的可以搜一下看看。
一般情况下，判断TS是否合理，可以看虚频，如果虚频的指向是你所需要的成键和断键的方向，一般情况可以初步判断合理，但是还是需要通过IRC才算是比较准确了。
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-22 08:35:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by necturnal at 2012-05-22 08:35:41:
iop（5/13=1）的意思忽略不收敛的failure，继续算下去。
高斯官网有个IOp reference，
http://www.gaussian.com/g_tech/g_iops/iops_toc.htm
大部分IOp的意思可以在里面查到，但是还是不全。Sobereva大神有几个

昨天去掉了scfcyc=300，结果出现了9999的错误。看样子还是这个不能少。

我找找IOp的帖子，谢谢
赞一下 回复此楼
业精于勤荒于嬉，成于思而毁于随
10楼2012-05-22 08:46:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ellemiu 的主题更新
311/4返回列表1234下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭