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88thunder

新虫 (正式写手)

天才流浪

[求助] Short Inter D...A Contact O1 .. O1这类问题怎么解决,有图有真相

简单的含三个酸的有机物,在CHECKCIF时出现如下问题,怎么解决,求指教!
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O1     ..  O1      ..       2.66 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O2     ..  O2      ..       2.65 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O3     ..  O3      ..       2.64 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O4     ..  N1      ..       2.78 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O4     ..  N1      ..       2.78 Ang.
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天才在流浪,流浪是天涯。
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

图上标出序号看看
2楼2012-05-16 18:48:13
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88thunder

新虫 (正式写手)

天才流浪

不好意思,我再传下有标号的,请关注
天才在流浪,流浪是天涯。
3楼2012-05-16 20:26:30
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88thunder

新虫 (正式写手)

天才流浪

图最上的两个氧从左到右分别是O3A,O3,, 左下的两个是O1A,O2A, 右下方的为O2,O1, O4是溶剂分子中与N接近的那个,O4的占有率为10.25
天才在流浪,流浪是天涯。
4楼2012-05-16 20:31:16
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huanghl2010

木虫 (著名写手)

linhua0402313: , 欢迎回帖交流, 2012-05-20 09:10:12
这个有机物是怎么合成的,我非常感兴趣,能交流吗?
MOFs
5楼2012-05-16 21:09:12
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sdujjt

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 欢迎回帖交流 2012-05-16 22:43:23
建议手动加氢,然后用afix命令将氢位置固定,尽量不要找两个埃德很近的
生命像一条大河
6楼2012-05-16 21:31:25
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


linhua0402313: 金币+1, 欢迎回帖交流 2012-05-17 08:14:55
引用回帖:
4楼: Originally posted by 88thunder at 2012-05-16 20:31:16:
图最上的两个氧从左到右分别是O3A,O3,, 左下的两个是O1A,O2A, 右下方的为O2,O1, O4是溶剂分子中与N接近的那个,O4的占有率为10.25

加上H提示H距离过近么?
7楼2012-05-17 06:57:28
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88thunder

新虫 (正式写手)

天才流浪

linhua0402313: , 欢迎回帖交流, 2012-05-20 09:10:23
引用回帖:
6楼: Originally posted by sdujjt at 2012-05-16 21:31:25:
建议手动加氢,然后用afix命令将氢位置固定,尽量不要找两个埃德很近的

怎么手动加啊,我能很容易找到N上和O上的氢,但是他们明显都和别O形成了氢键,使得他们的键长明显比理论加氢的长,这种情况下怎么加?我用AFIX137 147给上的氢固定后,精修几次,氢的角度也会变,明显和氢键方向不一致了??
天才在流浪,流浪是天涯。
8楼2012-05-17 15:48:39
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88thunder

新虫 (正式写手)

天才流浪

引用回帖:
7楼: Originally posted by huahua1216 at 2012-05-17 06:57:28:
加上H提示H距离过近么?

氢可以加,但加上去不合理,我那些O上的氢都是有参与分子间氢键的,这个分子是通过氢键,互相连接的
天才在流浪,流浪是天涯。
9楼2012-05-17 15:50:07
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

linhua0402313: , 欢迎回帖交流, 2012-05-20 09:10:41
引用回帖:
9楼: Originally posted by 88thunder at 2012-05-17 15:50:07:
氢可以加,但加上去不合理,我那些O上的氢都是有参与分子间氢键的,这个分子是通过氢键,互相连接的

能不能看看数据?
10楼2012-05-17 15:57:54
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