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xiaoguoy

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Alert level B
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D H2A .. H2C .. 1.92 Ang.

PLAT417

--------------------------------------------------------------------------------
PLAT417 Type_2 Test for short non-bonding inter D-H..H-D contacts
--------------------------------------------------------------------------------

Short non-bonding inter D-H..H-D contacts may be related to disordered or
misplaced H-atoms.
Experience has shown that any intermolecular H...H separation of less than
1.8 Angstroms between unit-occupancy H atoms is a clear indicator that one
or both of these H atoms may be wrongly placed.

[ Last edited by nash603 on 2010-8-19 at 20:53 ]

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1楼2010-07-15 08:24:59

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linhua0402313

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nash603(金币+1):谢谢回贴交流！ 2010-08-19 20:56:16

在ins文件中，把理论加氢加上的氢最后的数字都改为-1.2，用XL再精修几轮，应该就可以的

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身在高山独抚琴，心随流水会知音

2楼2010-07-15 08:34:13

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xiaoguoy

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那个高手帮改下?

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3楼2010-07-15 19:30:17

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xiaoguoy

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晶体中有一分子水,好象水引起的,哪位高手帮修下!

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4楼2010-07-17 21:40:54

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xiaoguoy

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高手帮改下ins

b类错误(晶体中有一分子水)
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D    H2A ..  H2C    ..    1.92 Ang

TITL r91117g in P-1
CELL 0.71073 8.5875 9.0151  11.3528  77.886  69.958  73.661
ZERR 2.00 0.0017 0.0018 0.0023 0.030 0.030 0.030
LATT 1
SFAC C  H  N  O
UNIT 38 32 8 4
OMIT -3 50.04
ACTA
CONF
EQIV $1 x+1, y, z
HTAB O1 O2_$1
EQIV $2  -x+1, -y+1, -z+1
HTAB O2 N3_$2
HTAB N2 O2_$2
EQIV $3 x, y, z-1
HTAB O2 N4_$3

HTAB
SIZE 0.22 0.20 0.16
L.S. 4
BOND $H
FMAP 2
PLAN 20
DFIX 0.90 0.01 N2 H2C
DFIX 1.45 0.01 H2A H2B
DFIX 0.85 0.01 O2 H2A O2 H2B
WGHT 0.073600
FVAR    1.55836
MOLE 1
O1 4 1.354438 0.110088 0.442748 11.00000 0.02127

0.02326 =
      0.01604 -0.00430 -0.00037 -0.00124
AFIX 147
H1 2 1.359744 0.180719 0.383762 11.00000 -1.50000
AFIX 0
N1 3 0.954552 0.272264 1.012200 11.00000 0.01736

0.01537 =
      0.01441 -0.00278 -0.00282 -0.00328
N2 3 0.809618 0.467376 0.909931 11.00000 0.01534

0.01525 =
      0.01315 -0.00104 -0.00349 -0.00231
N3 3 0.521226 0.702987 0.992165 11.00000 0.01571

0.01748 =
      0.02144 0.00037 -0.00596 -0.00299
N4 3 0.682258 0.366799 1.321160 11.00000 0.01804

0.01774 =
      0.01513 -0.00272 -0.00387 -0.00270
C1 1 1.121804 0.119499 0.776155 11.00000 0.01960

0.01673 =
      0.01599 0.00057 -0.00556 -0.00561
AFIX  43
H1A 2 1.106679 0.050209 0.850251 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C2 1 1.228613 0.066266 0.664240 11.00000 0.01636

0.01504 =
      0.02146 -0.00539 -0.00378 -0.00231
AFIX  43
H2 2 1.285386 -0.038052 0.663321 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C3 1 1.251788 0.168724 0.552128 11.00000 0.01410

0.02036 =
      0.01410 -0.00574 -0.00255 -0.00446
C4 1 1.166029 0.324533 0.554653 11.00000 0.02074

0.01888 =
      0.01279 0.00059 -0.00593 -0.00612
AFIX  43
H4 2 1.180754 0.393499 0.480364 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C5 1 1.059209 0.376791 0.667223 11.00000 0.01991

0.01386 =
      0.01843 -0.00280 -0.00650 -0.00252
AFIX  43
H5 2 1.001815 0.480960 0.667902 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C6 1 1.035819 0.275645 0.780357 11.00000 0.01406

0.01774 =
      0.01587 -0.00272 -0.00406 -0.00566
C7 1 0.933824 0.334569 0.900448 11.00000 0.01539

0.01423 =
      0.01660 -0.00239 -0.00383 -0.00413
C8 1 0.745786 0.494129 1.034851 11.00000 0.01397

0.01584 =
      0.01307 -0.00221 -0.00209 -0.00500
C9 1 0.613919 0.635034 1.071906 11.00000 0.01296

0.01415 =
      0.01680 0.00027 -0.00160 -0.00531
C10 1 0.589234 0.699201 1.180343 11.00000 0.01841

0.01844 =
      0.01845 -0.00113 -0.00362 -0.00609
AFIX  43
H10 2 0.657538 0.653464 1.232544 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C11 1 0.462147 0.831452 1.209228 11.00000 0.02305

0.01758 =
      0.02445 -0.00630 0.00087 -0.00488
AFIX  43
H11 2 0.444075 0.876297 1.280852 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C12 1 0.362275 0.896146 1.130190 11.00000 0.01866

0.01730 =
      0.03746 -0.00637 -0.00179 0.00244
AFIX  43
H12 2 0.273023 0.982782 1.149308 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C13 1 0.397365 0.830096 1.023060 11.00000 0.01797

0.02033 =
      0.03171 0.00147 -0.00924 -0.00093
AFIX  43
H13 2 0.331779 0.875883 0.968948 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C14 1 0.837066 0.370662 1.096928 11.00000 0.01292

0.01501 =
      0.01496 -0.00340 -0.00248 -0.00339
C15 1 0.831853 0.327291 1.230679 11.00000 0.01714

0.01194 =
      0.01663 -0.00302 -0.00448 -0.00393
C16 1 0.979156 0.240990 1.259859 11.00000 0.01791

0.01449 =
      0.01927 -0.00364 -0.00477 -0.00303
AFIX  43
H16 2 1.080112 0.214321 1.195560 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C17 1 0.974529 0.195378 1.384362 11.00000 0.02297

0.01655 =
      0.02455 -0.00041 -0.01292 -0.00401
AFIX  43
H17 2 1.071311 0.136170 1.405318 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C18 1 0.822934 0.239414 1.477717 11.00000 0.03038

0.02169 =
      0.01682 0.00051 -0.01035 -0.00853
AFIX  43
H18 2 0.816567 0.212969 1.562681 11.00000 -1.20000
AFIX 0
C19 1 0.681342 0.323443 1.442039 11.00000 0.02303

0.02078 =
      0.01448 -0.00222 -0.00237 -0.00532
AFIX  43
H19 2 0.579592 0.351619 1.505257 11.00000 -1.20000
AFIX 0
MOLE 2
O2 4 0.399642 0.348960 0.255459 11.00000 0.01952

0.03145 =
      0.01794 -0.00046 -0.00584 -0.00599
H2A 2 0.439444 0.337376 0.175023 11.00000 0.06766
H2B 2 0.472905 0.374229 0.280309 11.00000 0.06563
H2C 2 0.764342 0.519203 0.847245 11.00000 0.04180
HKLF 4

REM  r91117g in P-1
REM R1 =  0.0376 for 2155 Fo > 4sig(Fo)  and  0.0452 for all 2746

data
REM 239 parameters refined using    4 restraints

END

WGHT    0.0733    0.0000
REM Highest difference peak  0.195,  deepest hole -0.252,  1-sigma

level  0.047
Q1 1 0.6783  0.5517  1.0571  11.00000  0.05 0.20
Q2 1 0.5493  0.6658  0.9205  11.00000  0.05 0.19
Q3 1 0.6268  0.5634  0.9510  11.00000  0.05 0.19
Q4 1 1.2857  0.1392  0.6158  11.00000  0.05 0.18
Q5 1 0.8380  0.3781  1.1579  11.00000  0.05 0.17
Q6 1 1.1264  0.1138  0.8189  11.00000  0.05 0.16
Q7 1 1.2422  0.1129  0.7211  11.00000  0.05 0.16
Q8 1 0.8228  0.4727  1.0631  11.00000  0.05 0.16
Q9 1 0.9945  0.3005  0.8384  11.00000  0.05 0.16
Q10 1 0.5411  0.3762  1.3978  11.00000  0.05 0.15
Q11 1 0.7152  0.2199  1.3857  11.00000  0.05 0.15
Q12 1 1.1530  0.2148  0.7784  11.00000  0.05 0.15
Q13 1 0.1089  1.0225  1.2694  11.00000  0.05 0.15
Q14 1 1.0729  0.3076  0.7393  11.00000  0.05 0.15
Q15 1 0.9977  0.2666  1.3177  11.00000  0.05 0.15
Q16 1 1.1704  0.3566  0.6187  11.00000  0.05 0.14
Q17 1 0.7379  0.4091  1.0776  11.00000  0.05 0.14
Q18 1 1.0635  0.0385  0.9247  11.00000  0.05 0.14
Q19 1 0.3646  0.4761  0.1807  11.00000  0.05 0.14
Q20 1 0.5713  0.7918  1.0163  11.00000  0.05 0.13

[ Last edited by xiaoguoy on 2010-7-18 at 08:26 ]

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引用回帖:

Originally posted by xiaoguoy at 2010-07-15 08:24:59:
Alert level B
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D H2A .. H2C .. 1.92 Ang.

PLAT417

--------------------------------------------------------------------------------
...

请问你这个问题解决了没？我也有同样的错误，请教一下谢谢！

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6楼2010-08-18 18:39:05

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