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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【求助】请高手帮忙！
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djl2006

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请高手帮忙！

测试了一个单晶，检查cif文件出现：7 ALERT level A = In general: serious problem
   2 ALERT level B = Potentially serious problem
   8 ALERT level C = Check and explain
  13 ALERT level G = General alerts; check
Alert level A
SYMMG01_ALERT_1_A Unrecognised _symmetry_space_group_name_H-M
            International Tables space group number is not in the CIF
           From the CIF: _symmetry_space_group_name_H-M      P(-1)
           Int. Tables space group number for P(-1) is   0
SYMMG02_ALERT_1_A        Supplied _symmetry_space_group_name_H-M not recognised
           From the CIF: _symmetry_equiv_pos_as_xyz
                                             x, y, z
                                             -x, -y, -z
           These symops generate the Hall space group symbol   -p_1
            which is equivalent to the H-M space group symbol  p_-1
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  O6      ..       2.34 Ang.
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  O8      ..       2.48 Ang.
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  OW2     ..       2.52 Ang.
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  O3      ..       2.57 Ang.
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .      mixed     
--------------------------------------------------------------------------------Alert level B
PLAT360_ALERT_2_B Short  C(sp3)-C(sp3) Bond  C17    -   C18    ...       1.29 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  OW1    ..  O2      ..       2.80 Ang.
--------------------------------------------------------------------------------Alert level C
PLAT029_ALERT_3_C _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......       0.97      
PLAT220_ALERT_2_C Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ...       3.06 Ratio
PLAT341_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds (x 1000) Ang ..          7      
PLAT041_ALERT_1_C Calc. and Reported SumFormula    Strings  Differ          ?
PLAT048_ALERT_1_C MoietyFormula Not Given ........................          ?
PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...          ?
PLAT125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given .......          ?
PLAT223_ALERT_4_C Large Solvent/Anion  H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       3.48 Ratio
--------------------------------------------------------------------------------Alert level G
FORMU01_ALERT_2_G  There is a discrepancy between the atom counts in the
            _chemical_formula_sum and the formula from the _atom_site* data.
            Atom count from _chemical_formula_sum:C18 H23 Cl1 Cu1 N4 O11 S1
            Atom count from the _atom_site data:  C18 H19 Cl1 Cu1 N4 O11 S1
CELLZ01_ALERT_1_G Difference between formula and atom_site contents detected.
CELLZ01_ALERT_1_G WARNING: H atoms missing from atom site list. Is this intentional?
           From the CIF: _cell_formula_units_Z    2
           From the CIF: _chemical_formula_sum  C18 H23 Cl Cu N4 O11 S
           TEST: Compare cell contents of formula and atom_site data

           atom    Z*formula  cif sites diff
           C         36.00     36.00    0.00
           H         46.00     38.00    8.00
           Cl         2.00      2.00    0.00
           Cu         2.00      2.00    0.00
           N          8.00      8.00    0.00
           O         22.00     22.00    0.00
           S          2.00      2.00    0.00
PLAT072_ALERT_2_G SHELXL First Parameter in WGHT Unusually Large.       0.14      
PLAT343_ALERT_2_G Check sp?     Angle Range in Main Residue for ..        C8      
PLAT432_ALERT_2_G Short Inter X...Y Contact  Cl1    ..  C16     ..       3.23 Ang.
PLAT432_ALERT_2_G Short Inter X...Y Contact  Cl1    ..  S1      ..       3.33 Ang.
PLAT860_ALERT_3_G Note: Number of Least-Squares Restraints .......          6      
PLAT154_ALERT_1_G The su's on the Cell Angles are Equal  (x 10000)        200 Deg.
PLAT199_ALERT_1_G Check the Reported _cell_measurement_temperature        293 K   
PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported   _diffrn_ambient_temperature        293 K   
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety        C10     
PLAT720_ALERT_4_G Number of Unusual/Non-Standard Labels ..........          2  
请高手帮忙看看，能否解决？晶体的R=0.06.谢谢。
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1楼2010-08-18 16:57:29
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linhua0402313

版主 (文坛精英)
★ ★ ★
帝夫(金币+3):感谢回帖交流！ 2010-08-18 17:56:29
从这些数据来看，你的晶体结构还有解析完全正确，对于那些打问号的错误，只要在cif文件中填写好就可以了，而对于那些A泪错误有可能是你的原子的指认有问题，比如Cl原子可能指认错误，不知道你的反应物中有没有含有Na元素
赞一下(1人) 回复此楼
身在高山独抚琴，心随流水会知音
2楼2010-08-18 17:45:24
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hjh509

铁杆木虫 (职业作家)
缺些要填的东西吧！找个标准的看下就哦了
赞一下 回复此楼
111
3楼2010-08-18 20:30:28
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djl2006

至尊木虫 (正式写手)

回复！

引用回帖:
Originally posted by linhua0402313 at 2010-08-18 17:45:24:
从这些数据来看，你的晶体结构还有解析完全正确，对于那些打问号的错误，只要在cif文件中填写好就可以了，而对于那些A泪错误有可能是你的原子的指认有问题，比如Cl原子可能指认错误，不知道你的反 ...

回复：
制备配体的时候，用了NaNO2；制备配合物是没有用钠盐。要不你给我邮箱，我把cif文件给你，麻烦您给重解一下。非常感谢！
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4楼2010-08-19 15:44:02
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