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astringent

铜虫 (著名写手)

[求助] 哪种软件可以如何实现体系中某些分子动?

最近想找一款软件,要求大体系中的一个小分子可以整体移动,但是大分子的其他部分固定,不知道MD能否实现?要是能实现,具体如何抄作?或者推荐其他可视化软件,请大家指点,xiexie
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-05-16 07:34:48
楼主到底是要看轨迹的可视化软件,还是要做约束动力学?这两者显然完全不一样。

做约束动力学,显然任何流行的MD软件都可实现,NAMD, GROMACS, DL_POLY, LAMMPS,只要看看手册,了解一下如何: 设置所有其它原子坐标不动;设置小分子的键和键角不变;然后MD即可;

有了Trajectory,任何可视化软件,只要能读你的trajectroy文件格式,都能看了。不过你要分析小分子的运动可及空间,用VMD最好。
2楼2012-05-16 06:28:36
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-17 07:24:52
astringent: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-18 05:09:20
一般我用gaussview干这件事情。在gaussview中,按住alt键,然后在目标小分子上拖曳鼠标左键可以单独转动小分子而其他分子不动;(要求小分子与其它部分不成键,如果距离太短成键,就打断);按住Alt+Shift后拖曳小分子可以平移。

楼主试试吧。当然,Material Studio/DS viewer pro都可以实现类似操作,只是我不常用。
4楼2012-05-17 02:49:26
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