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chhello

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】模拟水溶液体系用哪种软件最适宜 已有6人参与

请教一下:用于水溶液体系的分子动力学模拟,用哪种软件最适宜?最好是免费的模拟软件。
谢谢!
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-15 14:26:42
gmx or namd
2楼2010-06-05 14:48:53
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-05 19:02:25
可以使用MS的AC模块,生成盒子,转化为LAMMPS或者DLPOLY的格式,GROMACS可以不需要这个过程,自己能生成GRO坐标,假如是生物体系的水溶液的话。。。
好好学习,天天向上。
3楼2010-06-05 14:50:02
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xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-15 14:26:53
引用回帖:
Originally posted by chhello at 2010-06-05 14:45:34:
请教一下:用于水溶液体系的分子动力学模拟,用哪种软件最适宜?最好是免费的模拟软件。
谢谢!

模拟的体系都没说,怎么选工具?

量化还是经典?
4楼2010-07-15 13:00:01
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chhello

银虫 (初入文坛)

经典吧。主要是三价金和二价铜的水溶液体系。
引用回帖:
Originally posted by xiaosy567 at 2010-07-15 13:00:01:



模拟的体系都没说,怎么选工具?

量化还是经典?

5楼2010-07-29 13:03:49
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-30 20:11:35
。。。 。。。 
  金属体系啊!  呵呵!
  拿经典的方法,没法去算金属离子。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
6楼2010-07-30 16:44:01
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chhello

银虫 (初入文坛)

能给出个招,指点一下吗?该怎么办?呵呵。谢谢!
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-07-30 16:44:01:
。。。 。。。 
  金属体系啊!  呵呵!
  拿经典的方法,没法去算金属离子。

7楼2010-08-01 10:16:08
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043114076

木虫 (正式写手)

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雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-08-01 12:15:55
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-07-30 16:44:01:
。。。 。。。 
  金属体系啊!  呵呵!
  拿经典的方法,没法去算金属离子。

个人认为也不是绝对没办法算,只要有合适力场。能不能算取决于LZ想得到什么样的性质,这一点lz可以说的更清楚一点。
8楼2010-08-01 11:22:07
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-01 14:24:36
金属离子的外层电子很复杂。
例如Fe,Co,Ni等他们是有d轨道的。ds,df轨道会发生杂化,并且这些作用没有固定的规律。对不同的金属,他们的程度不同。
如果仅仅用 经典的作用势,vdw+elec+成键原子间势能(实际是拿 谐振子 来近似的),是不能表述的。

当然要是Na,K这类碱金属和碱土金属是没什么问题的。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
9楼2010-08-01 14:13:06
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chhello

银虫 (初入文坛)

我的目标,说起来倒是很简单,就是想计算一下水溶液中的金属阳离子间的电荷作用力,只要能比较出来不同离子间电荷力的大小就够了。
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-08-01 11:22:07:


个人认为也不是绝对没办法算,只要有合适力场。能不能算取决于LZ想得到什么样的性质,这一点lz可以说的更清楚一点。

10楼2010-08-01 14:34:49
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