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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】模拟水溶液体系用哪种软件最适宜
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chhello

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】模拟水溶液体系用哪种软件最适宜 已有6人参与

请教一下：用于水溶液体系的分子动力学模拟，用哪种软件最适宜？最好是免费的模拟软件。
谢谢！
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1楼 2010-06-05 14:45:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-15 14:26:42
gmx or namd
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2楼2010-06-05 14:48:53
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-05 19:02:25
可以使用MS的AC模块，生成盒子，转化为LAMMPS或者DLPOLY的格式，GROMACS可以不需要这个过程，自己能生成GRO坐标，假如是生物体系的水溶液的话。。。
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好好学习，天天向上。
3楼2010-06-05 14:50:02
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xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-15 14:26:53
引用回帖:
Originally posted by chhello at 2010-06-05 14:45:34:
请教一下：用于水溶液体系的分子动力学模拟，用哪种软件最适宜？最好是免费的模拟软件。
谢谢！

模拟的体系都没说，怎么选工具？

量化还是经典？
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4楼2010-07-15 13:00:01
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chhello

银虫 (初入文坛)
经典吧。主要是三价金和二价铜的水溶液体系。
引用回帖:
Originally posted by xiaosy567 at 2010-07-15 13:00:01:



模拟的体系都没说，怎么选工具？

量化还是经典？

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5楼2010-07-29 13:03:49
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-30 20:11:35
。。。　。。。　
　　金属体系啊！  呵呵！
　　拿经典的方法，没法去算金属离子。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
6楼2010-07-30 16:44:01
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chhello

银虫 (初入文坛)
能给出个招，指点一下吗？该怎么办？呵呵。谢谢！
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-07-30 16:44:01:
。。。　。。。　
　　金属体系啊！  呵呵！
　　拿经典的方法，没法去算金属离子。

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7楼2010-08-01 10:16:08
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
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雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-08-01 12:15:55
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-07-30 16:44:01:
。。。　。。。　
　　金属体系啊！  呵呵！
　　拿经典的方法，没法去算金属离子。

个人认为也不是绝对没办法算，只要有合适力场。能不能算取决于LZ想得到什么样的性质，这一点lz可以说的更清楚一点。
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8楼2010-08-01 11:22:07
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superdirac

木虫 (正式写手)
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-01 14:24:36
金属离子的外层电子很复杂。
例如Fe,Co,Ni等他们是有d轨道的。ds，df轨道会发生杂化，并且这些作用没有固定的规律。对不同的金属，他们的程度不同。
如果仅仅用 经典的作用势，vdw+elec+成键原子间势能(实际是拿 谐振子 来近似的)，是不能表述的。

当然要是Na，K这类碱金属和碱土金属是没什么问题的。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2010-08-01 14:13:06
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chhello

银虫 (初入文坛)
我的目标，说起来倒是很简单，就是想计算一下水溶液中的金属阳离子间的电荷作用力，只要能比较出来不同离子间电荷力的大小就够了。
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-08-01 11:22:07:


个人认为也不是绝对没办法算，只要有合适力场。能不能算取决于LZ想得到什么样的性质，这一点lz可以说的更清楚一点。

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10楼2010-08-01 14:34:49
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